एमिली अपने एफ़बीआई से निलंबन के आखिरी दिनों में है और पिछले दो सीज़न के अपने कामों के परिणामों को भुगतने के लिए संघर्ष कर रही है। बहुत-सतर्क और दूसरों पर अविश्वास के कारण, एमिली को हर जगह खतरा दिखता है और वह हर किसी को संदेह की नज़र से देखती है।

खतरनाक घटनाओं के बाद, एमिली को समय के विरुद्ध जाना होगा और उसकी रहस्यमयी मुखबिर, काई की मदद से निक को बचाना होगा। उसकी स्थिति की जानकारी होने पर, एमिली को एहसास होता है कि एक बेहद जटिल साज़िश हो रही है और उसे इस संभावना का सामना करना होगा कि निक को मार दिया गया है।

अस्त-व्यस्त और बेहोशी की हालत में, निक एक अंधेरी और छोटी सी जगह पर आँखें खोलता है। इसी दौरान, सबूत के तौर पर लाश न मिलने के कारण, एमिली यह मानने से इनकार कर देती है कि निक मर चुका है और उसे वापस पाने के लिए एक समझौता करती है, पर उसे पता चलता है कि डॉकिन्स ने एक जाल बिछाया है और सब खतरे में हैं।

एमिली की इस माँग को कि एफ़बीआई को निक को खोजना चाहिए प्रतिरोध का सामना करना पड़ता है, जिस वजह से वह एक खतरनाक योजना पर आगे बढ़ती है जो उसे उस आदमी के सामने ले जाती है जो उसे निक तक पहुँचा सकता है। इसी दौरान, युरोप में कहीं, निक बेहोश है और उसे मानसिक रूप से प्रताड़ित किया गया है, जिससे उसका दबा हुआ पछतावा और उसकी एफ़बीआई एजेंट, पति, और पिता के तौर पर असुरक्षा सामने आ जाती है।

एमिली, निक के पास जाने के लिए डॉकिन्स की सारी शर्तें मान लेती है, और इसी दौरान चालाकी से एक योजना बनाती है। इसी दौरान, जैसे ही निक का पछतावा और मानसिक तनाव उस पर हावी होता जाता है, वह आखिरकार अपनी उन निजी परेशानियों को खत्म कर देता है जो उसे परेशान कर रही थी।

निक पर अत्याचार जारी हैं पर उसे अपने अपहरणकर्ता के चंगुल से भागने का एक मौका मिलता है। कैल और एमिली निक को बचाने के लिए निकलते हैं और इसी दौरान एक दूसरे के करीब आ जाते हैं। जब वे उस रहस्यमयी जगह पर पहुँचते हैं, तो उन्हें ऐसे सबूत मिलते हैं जो निक के बोस्टन वाले केस से तार जोड़ते हैं, पर निक का कोई पता नहीं लगता।

एमिली चोरी की गई फ़ाइलों के बदले निक को बचाने के लिए एक आखिरी कोशिश करती है और निक के ज़िंदा होने का सबूत माँगती है, इस बात से अनजान होकर कि निक अपने अपहरणकर्ताओं के चंगुल से रोमांचक तरीके से बच कर भाग गया है। निक एफबीआई से संपर्क करता है, और एमिली कैल से उसके अतीत के बारे में सवाल-जवाब करने का साहसिक निर्णय करती है।

एमिली और निक शरणार्थी कैंप में घुसपैठ करने की योजना बनाते हैं, और कैल एक मेरीडियन सुरक्षाकर्मी के भेष में आता है इस उम्मीद में कि वह आर्मस्ट्रांग को ढूंढ लेगा और उसे न्याय के सामने ला सकेगा। इसी दौरान, क्राउन और गन्नार्सेन मेरीडियन के मुखबिर का पता लगाने के और करीब पहुँचते हैं और एक अप्रत्याशित मेहमान फ़ार्म पर आता है।

निक शरणार्थियों को छुड़ाने में लग जाता है और कैल आखिरकार आर्म्सट्रॉंग का सामना करता है। जब गन्नार्सेन और क्राउन उप-निदेशक वेब को गिरफ़्तार करने जाते हैं, तो एमिली इलियट के अभियान की जानकारी लेने की कोशिश करती है और अपने परिवार की सुरक्षा के लिए किसी भी हद तक जाती है।

एमिली और निक आखिरकार फ्लिन के साथ बोस्टन में फिर एक साथ होते हैं, पर इलियट के जैविक हथियार का खतरा अभी भी बना हुआ है। एमिली कुछ कठोर कदम उठाती है और अपने परिवार की सुरक्षा के लिए एक खतरनाक विकल्प चुनती है।