Frappé par une malédiction, le jeune guerrier Ashitaka se lance à la recherche d'un moyen de s'en libérer. Cela le conduit dans une forêt magique où un combat fait rage entre Dame Eboshi, accusée de détruire les forêts à cause de sa soif de progrès, et San, alias Princesse Mononoké, une jeune fille élevée par des loups qui défend farouchement la nature et déteste l'humanité.