Stargate Atlantis

Nang mabigo sa pansamantalang alyansa sa mga Wraith, kailangang mapigilan ng Team Atlantis ang dalawang Wraith hive ship na patungo sa Earth. Nag-utos si Weir na umatake, at napilitan si Sheppard umasa kay Michael para iligtas sina McKay at Ronon.

Nang matagumpay na nagamit ang retrovirus para gawing tao ang mga Wraith sa hive ship, bumalik ang team sa Atlantis kasama ang mga bilanggong nasa stasis. Patuloy na ipinagtanggol ni Weir ang kaniyang pagiging lider sa independent review ng IOA.

Nakarating ang team sa isang nayon na may ginagalang na lider. Naakit si Beckett sa kaniyang host at dinala ito sa Atlantis. Naglaon, nadiskubre ni McKay na gumagamit si Lucius ng pheremone upang maakit ang mga taong nasa paligid niya.

Habang nagsisiyasat sa isang nayon, inatake ang team dahil nasundan si Ronon ng mga Wraith. Pinalaya sina Sheppard at Teyla ng mga taganayon at bumuo ng strike force. Ngunit, nang bumalik sila, wasak na ang nayon.

Nadiskubre ni McKay ang isang sanggunian para sa testing site ng mga Ancient. Sa site, natagpuan ng team ang metropolis na sumusuporta sa milyon-milyong Ancient. Sa kagustuhang mag-alyansa, nagulat si Weir ng tumanggi ang lider nilang si Oberoth.

Nang magising sa psychiatric hospital sa labas ng D.C., nagulat si Weir nang matuklasan na guni-guni lamang ang kaniyang buong karanasan ng dalawang taon sa Atlantis. Malalaman niyang nagkaroon siya ng delusional psychosis dahil sa aksidente.

Tinawag ang team sa isang planeta gamit ng isang code, ngunit sinalakay sila ni Kolya, na bumuo ng sariling pangkat ng Genii matapos paalisin sa inner circle. Nakatakas ang ibang kasapi ng team, ngunit nahuli si Sheppard.

Bumalik si McKay sa Earth upang kumbinsihin ang kapatid niyang si Jeannie Miller na tulungan ang Air Force. Naglakbay sina McKay at Jeannie sa Atlantis at matagumpay na sinimulan ang eksperimento, ngunit dumating ang McKay mula sa parallel universe.

Nabigong mag-check-in ang team ni Maj. Leonard sa Atlantis habang nasa misyon. Sinundan ni McKay at ng team ang energy readings para mahanap sina Maj. Leonard at mga tauhan nito, ngunit natuklasan nila sa kuweba ang isang Wraith generator.

Nagpulong ang mga Ancient kasama sina O'Neill at Woolsey upang magpasalamat sa pag-aalaga nila sa lungsod, ngunit hiniling din na umalis sila sa Atlantis. Habang nasa Pegasus galaxy sina Ronon at Teyla, mahirap man, pero bumalik ang iba sa Earth.

Nagtago sina O'Neill at Woolsey, ang tanging nakaligtas sa madugong kudeta, sa abandonadong lugar sa lungsod. Alam nilang may utos si Landry na pasabugin ang Atlantis kung nagkaroon ng problema, kaya nagtago sila para abangan ang kanilang kapalaran.

Nagsimulang makakita si Teyla ng mga aparisyon at naniniwalang multo sila ng mga Ancient na pinuksa ng Replicators. Naniniwala si McKay na natagpuan niya ang balyenang nagligtas sa kaniya mula sa nakalubog na puddle jumper no'ng isang taon.

Narinig ng team ang kuwento ng dakilang mandirigmang tumalo sa mga Genii at Wraith, kaya hinanap nila ito sa pag-asang maging kakampi. Ngunit nalaman nilang ito pala si Lucius, at naniniwala silang bumalik lang siya sa dati niyang pagloloko.

Upang makatipid ng power, pinatay ang mga di-kailangan na system na pinaandar ng mga Ancient bago sila mapatay ng Replicators, aksidenteng natamaan si McKay ng energy beam mula sa misteryosong device.

Nadiskubre ni Lorne ang isang planetang may maraming satellite. Pero mukhang hindi nalampasan ng mga tagarito ang panahon ng Renaissance, at may watawat sila na may mukha ni McKay. Napagtanto ng team na di lang basta laro ang nakita nila kanina.

Sa pag-iimbestiga ng abandonadong space station, nagising ni McKay ang isa sa mga scientist dito mula sa stasis. Sinabi ng scientist sa team na ang base ang huling ipinatayo nila para makatakas sa kalupitan ng mga Wraith.

Sa kautusang ng lungsod na magbakasyon muna ang team, sinubukan nilang sulitin ang libreng oras nila. Ngunit biglang may misteryosong pagsabog na tumama sa lungsod at nasaktan at napatay ang ilan sa mga mamamayan.

Naghanap ang team ng mobile geothermal drilling station na iniwan ng mga Ancient. Maingat na siniyasat nila ang station, nakaramdam si Teyla ng Wraith. Si Weir, na naniniwalang epekto ito ng presyon kay Teyla, ay nag-utos sa team na magpatuloy.

Pagtapos tulungan maglipat ang Taranas, napagtanto ng Atlantis team na hindi nila nakausap ang mga ito sa matagal na panahon. Mukhang inabandona ng Taranas ang nayon, ngunit nakakita si McKay ng life signs sa ilalim ng lupa.

Nagulat ang team sa isang satellite na may Stargate na umiikot sa taas ng Atlantis. Nang mag-labas ito ng energy beam na umatake sa lungsod, naisip ni McKay na gayahin ang Ancients at palubugin ang Atlantis sa dagat.