Depois de desafiar as ordens de sua chefe, Christina Hart (Jennifer Beals), para se vingar do homem que matou sua irmã, o arranque da segunda temporada encontra Bryan Mills (Clive Standen) lutando por sua vida dentro de uma prisão secreta no México.

Quando cai um avião que transporta Bryan Mills (Clive Standen) e uma testemunha-chave em uma investigação de homicídio (ator convidado Alexander Draper), um Mills ferido deve usar suas habilidades de sobrevivência que seu pai ensinou para ele para superar os elementos.

Um trabalhador despedido rapta um poderoso contabilista para se vingar por ter perdida sua pensão, e a equipe se envolve em um caso de guerra de classes quando Bryan (Clive Standen) decide ajudar o raptor a fazer justiça.

Quando a mala com os códigos nucleares do presidente é roubada, Bryan (Clive Standen) e sua equipe devem recuperar ela antes que as medidas secretas da segurança nacional caiam em mãos perigosas.

Santana (Jessica Camacho) deve enfrentar seu passado quando um diplomata estrangeiro ligado a um grupo de tráfico sexual é raptado.

Quando a esposa (atriz convidada Amy Rutberg) de um senador herói de guerra (ator convidado Sebastian Spence) é levada, Bryan (Clive Standen) e a equipe devem determinar se seu desaparecimento foi orquestrado por um governo estrangeiro ou por alguém de dentro.

Bryan (Clive Standen) e Santana (Jessica Camacho) devem extrair um físico nuclear, que se pensava estar morto há muito tempo, de um complexo prisional secreto na Coreia do Norte.

Hart (Jennifer Beals) assume uma missão individual para encontrar o mentor que traiu ela, e a equipe tenta localizar ela antes que seja tarde demais.

Hart (Jennifer Beals) tem de encontrar uma forma de impedir que um antigo jornalista exilado vaze os nomes de recursos do governo antes que se percam vidas inocentes.

Quando espécies invasoras são roubadas do Banco Global de Sementes na Noruega, Bryan (Clive Standen) tem de impedir um ato de terrorismo biológico.

Quando uma bomba explode em Washington D.C., a equipe suspeita que um homem inocente está sendo incriminado pelo crime.

Quando um perigoso traficante de armas leva sua mercadoria para a Cidade de Nova Iorque, Bryan (Clive Standen) se junta ao FBI em uma corrida para impedir ele de chegar à segurança das águas internacionais.

Quando o filho de um analista da CIA é raptado, a equipe recebe ajuda de uma fonte improvável - outra vítima de rapto.

Bryan (Clive Standen) tem de proteger seu primo quando ele se torna alvo de uma poderosa organização criminosa.

A filha de um oficial do governo trabalhando no estrangeiro é raptada e um suspeito inesperado estraga a operação de resgate de Bryan.

Com Hart (Jennifer Beals) em grande perigo, a equipe tem de arranjar um plano próprio para parar Ramsey (Tahmoh Penikett), antes de seu plano para assassinar um senador comece uma guerra com terroristas internacionais.