Mason, Nadia i Bernard ukrywają się po całej Europie po wydarzeniach pierwszego sezonu. Mason ma kryzys tożsamości, Nadię z córką ściga agentka Aparna, a Bernard sprzymierza się z byłym agentem CIA Hutchem przeciw Paulowi Bradze. Spotkanie Nadii z Frankiem Sharpe'em ujawnia tajemnicę.

Ucieczka Abby kończy się rozlewem krwi, gdy Mason walczy z zamachowcami Mantykory. Ścigają go Paulo i Joana, którzy wciąż doskonalą swoją broń. Bernard i Hutch pospiesznie zbierają zespół. Po burzliwej rozmowie z Nadią Mason szuka wsparcia u dawnego wroga i odkrywa mroczną tajemnicę Bernarda.

Gdy plan Paula nabiera tempa, Mason i Nadia są zmuszeni to trudnej współpracy. Razem z Bernardem, Hutchem, Celine i Frankiem Sharpe'em porywają się na śmiałą misję: odkryć tożsamość tajemniczego hakera, który może powstrzymać światową katastrofę.

Zespół odkrywa, kim jest Edison, i rusza na elitarną galę, gdzie ma się pojawić ich cel. Gdy napięcie między Masonem a Nadią sięga zenitu, a zewsząd nadciągają wrogowie, samowolka członka zespołu zagraża powodzeniu misji.

Mason i Dahlia szykują ryzykowną wymianę więźniów, by uwolnić Abby. Mason rozsypuje się psychicznie i plan staje pod znakiem zapytania, lecz obie strony przychodzą na miejsce. Abby wyjawia wstrząsającą prawdę, która wszystko zmienia.

Joana przyspiesza plan zamachu na prezydenta Rosji na szczycie G8. Mason i Nadia zawożą Abby do kryjówki w Szkocji. Odkrycie potwornej prawdy o tym, co jej zrobiono, uruchamia ciąg straszliwych wydarzeń.

Agenci Cytadeli ścigają się z czasem, by zapobiec zamachowi na prezydenta Aronowa na szczycie G8, dzięki któremu Joana chce przejąć kontrolę nad rosyjskimi satelitami. Zespół podejmuje niebezpieczną próbę infiltracji. W ostatecznym starciu szpiedzy stają przed niemożliwymi i śmiertelnymi wyborami.