FBI：特別捜査班

クイーンズにあるレストランで爆弾事件が発生した。そこはOAが幼い頃からのなじみの店だった。当初はテロ攻撃かと思われたが、より複雑な事情があると判明する。さらなる事件を防ぐためOAは潜入捜査を開始する。シーズン２初回のエピソード。

人気ブロガーの主婦の息子が誘拐され、チームは200万人のフォロワーから犯人を特定しなければならなくなった。一方クリステンは引き続き、新しい相棒のスチュアート・スコーラ（ジョン・ボイド）との現場捜査に適応しようと努力する。

次期大統領の最有力候補、ヴァレリー・コールドウェル（サッシャ・アレクサンダー）議員が自動車爆弾で狙われる。OAとマギーは次の攻撃前に犯人を特定するべく捜査を急ぐ。２人は犯人がコールドウェル議員の政治的野心を狙ったのか、別の動機なのか思索する。

ナイトクラブで銃撃事件が発生した。以前、地元の白人至上主義者グループが脅迫した件をFBIが見落としていた可能性が出てきた。またクリステンはFBIへの忠誠と、自分が属するコミュニティーへの責任の間で葛藤する。

家族思いで2児の父親ジム・ルッソ（クレイボーン・エルダー）。彼は思いもよらず違法取引に巻き込まれ誘拐される。一方ジュバルは、自分の家族とその将来について難しい判断を迫られる。

ウォール街の投資家が殺害された。チームは常識破りの方法で情報を得るインサイダー取引の一味の存在にたどりつく。　一方OAは付き合い始めたモナ（ヤスミン・エイカー）との関係維持に苦悩する。

新規株式公開が間近だった医療技術企業の役員が殺された。チームは被害者の死によって最も利益を得る者を捜索する。　一方OAは身内に協力するよう頼まれるが、その内容がFBI捜査官としての義務と矛盾することに。

カメラマンが死亡した交通事故。チームが詳細を調べると隠された事実が判明する。　またマギーは自分の夫の死との共通点を見いだし、被害者の妻アニー・ウェーバー（エリカ・フェイ）に同情する。

生徒と口論後に行方不明になった教師パトリック・ミラー（エヴァン・ウィリアムズ）。チームはパトリックに恨みを抱く人物を探す。そして重要証人が捜査協力を引き受け、マギーがその証人の安全確保に尽力する。

ニューヨーク市警の刑事の娘も被害者となった連続殺人事件。かつての誘拐事件の被害者とこの事件が結び付く。一方、クリステンは訓練演習の結果が悪く、捜査官としての能力に疑問を抱き始める。

多くの女性からセクハラ被害の主張をされたビジネスマンが殺害された。チームは被害者の中に犯人がいるとみて捜査する。

銀行強盗で襲われた貸金庫には、国の安全を揺るがす危険性のある情報が入っていた。一方クリステンは、チームメンバーが懸念するなか現場復帰を熱望する。

引退したすご腕のFBI捜査官の息子が自宅近くで連れ去られ、復讐かと思われた。チームは元捜査官の過去に関係するのか、息子自身がトラブルに巻き込まれたのかを突き止めなくてはならない。一方イゾベルはある過去の情報が発覚し、苦渋の判断を迫られる。

コールガールの遺体の近くで連邦検事が遺体で発見された。チームは2人に接点があったのかを解明しなくてはならない。また被害者の1人と知り合いだったジュバルは、個人的な思いで捜査に当たる。

徹甲弾と銃を積載したトラックがハイジャックされた。チームは犯人とその目的を探る。OAが軍の情報部にいた当時の友人が捜査の応援に来るが、OAは彼の判断が信頼できるのかためらう。

必死の頼みを警察に無視された男が億万長者の娘を拉致した。男は堅牢なセーフルームに立てこもり、自分の行方不明の娘を引き換えに要求する。またジュバルは交渉人としての腕を試される。

ある殺人現場の検証でチームは政治的な動機を疑う。しかし別の殺人事件が発生し、チームはさらなる犯行を防ぐために共通点を探る。一方、マギーは将来のキャリアを左右しかねない決断に悩む。

26人の子供が乗ったスクールバスが行方不明になった。容疑者の1人をかつて逮捕したジェス・ラクロイ（ジュリアン・マクマホン）捜査官と逃亡者捜査班チームがOAに協力し捜査する、クロスオーバー・エピソードの第一弾。

大学生が遺体で見つかり、チームは麻薬取引のトラブルを捜査する。またヘイリー・アプトン（トレイシー・スピリダコス）刑事が一時的にチームに加わり、FBIの統制された捜査手法と衝突することに。