Hanna gaat terug naar de Meadows met haar dankzij John Carmicheal intacte cover als Utrax-rekruut. Hij leidt het trainingsprogramma, maar hij wordt door Marissa gedwongen om te helpen. Als de rekruten zich voorbereiden op hun missies, neemt Marissa contact op met een CIA-analyst in Wenen die een doelwit is voor informatie. In Parijs ontmoet Hanna haar doelwit Abbas, een jonge activist.

Hanna kan Abbas niet vergeten, overtreedt het protocol en bezoekt hem. Marissa's wereld stort in als ze de Voorzitter herkent op Hanna's foto. Als Hanna en Marissa de volgende moord willen saboteren, zorgt een foutje voor verdenkingen. Hanna onderschept de Utrax-agent die onderzoek moet doen, maar Carmichael wordt betrapt op verraad, waardoor Hanna en Marissa in de val worden gelokt.

Hanna en Marissa moeten opschieten nu ze zijn ontdekt. Ze willen naar Wenen omdat ze geloven dat daar het hoofdkantoor van Pioneer en het moordprogramma is. Maar Hanna gaat eerst Abbas zoeken. Marissa gaat naar Wenen. Ze weten allebei niet dat ze in een val lopen.

Hanna en Marissa breken in bij Pioneer en ontdekken de angstaanjagende waarheid achter de moordlijst en hoe die is gemaakt. Eenmaal binnen confronteert Marissa Evans en laat Hanna ontsnappen met het bewijs dat het programma moet elimineren.

Hanna en Marissa hebben bijna verloren. Hanna wordt vastgehouden door Evans en het bewijs waarmee Marissa het programma moet elimineren, blijkt versleuteld en onbruikbaar te zijn. Hanna probeert te ontsnappen en vindt wat de sleutel tot de vernietiging van Pioneer kan zijn, maar Evans' wrede verhoor kan Hanna breken voor ze die kan gebruiken.

Hanna en Marissa keren terug naar Pioneer als gevangenen, maar met de missie om het bewijs te ontsleutelen dat het programma vernietigt. Als ze beseffen dat Abbas en zijn dochter in gevaar zijn, gaan ze hen redden. In het bos buiten Wenen redt Hanna Abbas, terwijl Marissa nog één keer Evans confronteert.