हवाई फ़ाइव-0 का तीसरा सीज़न वहीँ से शुरू होता है जहाँ हमने सीज़न दो को छोड़ा था, जब चिन हो को अपनी पत्नी या अपनी चचेरी बहन में से एक को बचाने का फ़ैसला लेना था। मैकगैरेट अपनी माँ को वापस हवाई साथ लेकर आता है और पाता है कि वह ख़तरे में है। पर वह जानना चाहता है कि उसकी माँ उससे कुछ छिपा रही है। इसी बीच, दल चोरों के एक गिरोह को पकड़ने के लिए पूर्व-अपराधी और कला विशेषज्ञ ऑगस्त मार्च की मदद लेता है।
