SG-1 est toujours à bord d'un des deux vaisseaux Goa'uld qui entament maintenant leur approche finale vers la Terre. L'armée américaine tente alors d'attaquer les Goa'uld en envoyant deux missiles nucléaires à destination des Ha'tak, mais un champ de force les protège et anéantit tous les espoirs humains.

Au cours d'une évacuation mouvementée, Carter est parasitée par un Goa'uld. Son comportement bizarre éveille très vite les soupçons du colonel O'Neill...

Alors que SG-1 vient en aide à un fuyard qui implore de l'aide, l'équipe est jugée complice, par un mystérieux tribunal, du meurtre qu'il a commis. Condamnés à la prison à vie, ils sont déportés dans un établissement sinistre dont il semble impossible de s'échapper. Ils y rencontrent une vieille femme, Linéa, qui leur fournit l'énergie nécessaire pour activer la Porte des étoiles.

Bien que la nouvelle planète explorée par SG-1 ressemble à un véritable paradis terrestre, le maître du jeu semble déterminé à ce que son existence demeure un secret. Les membres de SG-1 sont pris au piège dans une réalité virtuelle créée par ce dernier dans laquelle O'Neill et Daniel revivent chacun à l'infini un épisode marquant de leur vie, sans pouvoir en modifier la fin tragique…

Toute l'équipe SG-1 est capturée par les habitants de P3R-636. Alors que O'Neill et les autres sont condamnés à travailler à la mine, Daniel a le droit à un traitement de faveur de la part de la princesse Shyla.

Parce qu'ils se sentent responsables de l'invasion de la planète Cimmeria par les Goa'uld, les membres de SG-1 décident de retourner dans ce monde pour sauver la population.

SG-1 rapporte un objet d'une planète inconnue. Ils découvrent bien vite que cet objet est radioactif et au moment de le renvoyer sur sa planète, de grandes pointes en sortent pour se ficher dans le mur.

Ryac, le fils de Teal'c, est enlevé par Apophis. L'équipe du SG-1 se donne pour mission de le récupérer et de le ramener auprès de sa famille, sur Terre.

De retour sur Abydos, le docteur Jackson découvre, à son grand étonnement, que Share a déjà rejoint les siens et qu'elle est enceinte.

Lors de l'exploration de BP6-3Q1, O'Neill et l'équipe de la SG-1 sont attaqués par des insectes géants. Ils s'échappent à travers la Porte des Etoiles, mais Teal'c, piqué par une de ces créatures, commence à se métamorphoser.

Teal'c explique à Sam Carter à quel point les connaissances laissées par Tok'ra Jolinar dans son cerveau pourraient être précieuses. Ils partent donc sur la planète de ce peuple en quête de réponses.

La tentative de forger une alliance avec les Tok'ra semble vouer à l'échec. Le SG-3 informe Sam de la détérioration de l'état de son père, atteint d'un cancer en phase terminale. Le général Jacob Carter, se rend alors compte des pouvoirs de guérison du symbiote, qui serait capable de le guérir.

Sur une planète inconnue, une civilisation a gardé toutes les valeurs ancestrales de la culture indienne, telle qu'on l'a connue sur Terre. Ce peuple est régi par des esprits qui ont apparemment réussi à chasser les Goa'uld.

L'appareil qui régule le climat sur la planète Madrona a été volé par des humains. Ces derniers sont revenus sur Terre par une autre Porte des Etoiles, officiellement désaffectée.

Sur une planète éloignée, l'équipe de SG-1 découvre une salle mystérieuse dans laquelle est stocké le savoir des quatre races les plus évoluées de la galaxie. Un signal très fort est envoyé à O'Neil qui semble pouvoir déchiffrer ces caractères inconnus.

Un trou noir avale l'équipe SG-10 et O'Neill est envoyé en mission de sauvetage. La force gravitationnelle du trou grandit et il attire la porte des étoiles et menace de détruire la Terre. O'Neill pourra-t-il arrêter cette force super destructrice ?

Sur une planète inconnue, Jackson, Teal'c et O'Neil rencontrent un curieux vieillard qui a en sa possession une étrange machine. Jackson touche la machine en même temps que le vieillard et ils se retrouvent transférés dans le corps de l'autre.

Apophis, poursuivi par les Goa'ulds, vient demander de l'aide à l'équipe du SG-1. Malgré ses actions passées, le SG-1 lui accorde son soutien et le recueille. Apophis, mourant, promet de tout avouer sur les Goa'ulds en échange d'une nouvelle enveloppe charnelle. O'Neil refuse.

La présence de l'équipe sur une autre planète perturbe l'équilibre ambiant et provoque la dégénérescence de ses autochtones. Les analyses ne révèlent rien d'anormal jusqu'à ce que O'Neil et son équipe soient atteints à leur tour.

Un enfant étrange, d'apparence humaine, est envoyé à la base pour prévenir O'Neil de l'arrivée imminente d'un ennemi invisible qu'aucun être humain ne peut percevoir. Le général Hammond fait appel à Jacob, le père de Carter, pour les aider. Ce dernier fait partie de la Tok'ra, la résistance Gao'uld.

Au lieu de débarquer là où elle devait aller, l'équipe SG-1 est envoyée dans le passé en 1969. Difficile de revenir dans le présent d'autant plus qu'elle ne doit pas influer sur le cours du temps !

Jack O'Neil est sorti par des inconnus d'un caisson étanche dans lequel il avait été congelé. Il apprend alors que ce caisson avait été réexpédié à la base il y a une dizaine d'années.