Mari Illustrious-Makinami styrer Enhet-05 for å bekjempe Den tredje engelen. Asuka Langley-Shikinami og EVA-02 bekjemper Den syvende engelen. Den åttende engelen angriper NERVs hovedkvarter. Den niende engelen tar over EVA-03 under en test, og Shinji prøver å stoppe den, men får vite at Asuka er om bord. Gendoh bruker EVA-01 til å kjempe mot EVA-03...
