2019년, 인류와 외계인 사이에서 시작된 전쟁은 외계인이 지닌 강력한 '변형' 능력으로 인류의 패배로 끝난다. 생존한 극소수의 인류는 지구 곳곳으로 흩어지고, 멸망했다는 소문마저 도는데, 한편, 인류가 남긴 문화가 마음에 든 외계인은 지구에 정착해 과거의 인류처럼 생활한다. 그런 세계에 사는 외계인 학생 요헤이는 학교에서 사육장 당번을 맡아 두 마리의 닭을 돌본다. 하지만 그 닭들에게는 비밀이 있다.

담임인 카와구치 선생님에게 연심을 품은 사사키는 선생님을 보기만 해도 가슴이 뛰고, 이윽고 신처럼 숭배할 정도로 빠져든다. 카와구치 선생님을 보고 싶다는 일념 하나로 참여한 봄방학 보충 수업에 총을 든 남자가 난입한다. 그는 카와구치 선생님의 고등학교 동창 쿠와노로 옛날에 카와구치 선생님에게 차인 것에 앙심을 품고 학생들을 인질로 잡아 어떤 것을 요구한다. 그리고 사사키는 카와구치 선생님을 위해 총구에 맞선다.

고등학교 졸업을 하루 앞둔 학생회장 이부키는 지금까지 학생회를 함께하며 버팀목이 돼 준 유리에게 함께 하교하자고 제안한다. 외국 대학에 진학하게 된 이부키에게 오늘은 유리와 보낼 수 있는 마지막 날이었던 것. 오랫동안 간직해 온 마음을 전하기 위해 이부키는 굳은 결심을 하고 유리와 학교를 나서지만, 여러 장애물이 나타나 둘의 하교를 가로막는다. 과연 이부키는 유리에게 마음을 고백할 수 있을까?

어린 시절 부모에게 학대받으며 자란 소녀는 현재 '킬러 시카쿠'로 그 이름을 떨치고 있었다. 시카쿠의 소문을 들은 흡혈귀 유겔은 3,500년 동안 죽지 않는 삶에 지루함을 느끼고, 시카쿠에게 자기를 죽여 달라고 의뢰한다. 그러나 그 의뢰는 실패로 돌아가고, 집으로 돌아온 시카쿠의 머릿속은 자신의 존재를 처음으로 받아들여 준 유겔 생각으로 가득해진다.

바닷가 마을에 사는 소년 토시히데의 보물은 바다에 버려진 인어의 피아노. 엄마가 인어인 토시히데는 그 피아노를 연주할 때만큼은 엄마와 이어져 있다고 느끼기 때문이다. 어느 날, 평소처럼 피아노를 연주하던 토시히데는 숨어서 듣고 있는 인어 소녀 시쥬를 만나게 된다. 토시히데가 자신을 구해 준 보답으로 시쥬에게 피아노를 가르쳐 주면서 둘은 점차 친해진다. 하지만 인어는 인간을 먹는 무서운 존재였다.

어느 날 눈을 떠 보니 여자애가 돼 버린 소년 토시히데. 이는 매우 희귀한 증상으로 평생 고칠 수 없는 불치병이었다. 미소녀가 된 토시히데는 반 친구들의 호기심 어린 시선을 받으며 남학생들의 왕따 표적이 된다. 그때 토시히데를 구해 준 건 여자 친구인 리에의 오빠 아키라였다. 아키라의 남자다운 면에 매력을 느끼고, 마음까지 여자가 됐음을 깨달은 토시히데는 리에와의 관계에 결단을 내린다.

켄지의 여동생 나유타는 인간의 마음이 없고 세상을 멸망시킬 거라고 예언된 악마의 아이로, 머리에는 날카로운 뿔이 있으며, 의사소통이 안 되고 동물을 죽여 사체를 먹는 등 주변 사람들에게 혐오의 대상이었다. 하지만 자신에겐 소중한 가족인 나유타를 지키기 위해, 켄지는 돌아가신 부모님을 대신해 필사적으로 일한다. 하지만 이해할 수 없는 동생 때문에 켄지의 고민은 깊어만 간다. 그러던 어느 날, 마침내 나유타가 사람들의 분노를 사는 큰 사건을 일으킨다.

어느 날 아침, 미술학교에 등교한 미츠코(18세)는 현관에 자신을 그린 낯부끄러운 그림이 걸려 있는 걸 발견한다. 바로 미츠코의 여동생 쿄코가 그려 콩쿠르에서 금상을 받은 작품으로, 학교 관례에 따라 1년간 전시된다. 미츠코는 그 굴욕을 씻기 위해, 쿄코에게 똑같은 방식으로 망신을 주겠다고 결심한다. 언니의 위엄을 보여 주기 위해 캔버스 앞에 앉은 미츠코의 마음에 오랜만에 대화를 나눈 동생과의 추억들이 스쳐 지나간다.