Girly Air Force

Kei e Minghua são refugiados saindo da China rumo ao Japão. O barco onde eles estão é atacado pelos Zai, mas eles são salvos por um caça moderno que lembra um JAS39 Gripen. Só que após salvá-los, o avião cai na água...

Depois do convite de Yashirodori, Kei começa a trabalhar na base, auxiliando Gripen. Ela mostra a base para ele, o que faz ele perceber uma animosidade dos soldados com as Anima. No dia seguinte, eles saem num encontro e Gripen revela que possui algum defeito...

A condição de Gripen melhora ao ficar perto de Kei, mas ninguém sabe o motivo. Os dois treinam juntos usando o simulador. Se eles conseguirem passar pelo teste e a Gripen lutar de novo, ela poderá acabar com os Zai. Mas um dia, Kei descobre a verdade sobre as Animas de um jeito inesperado...

Após chegar em Komatsu, Eagle interrompe um encontro entre Kei e Minghua. Porém ela informa a ele que Gripen será descartada, o fazendo correr para base. Ao chegar lá, os Zai lançam um ataque...

Gripen continua perdendo para Eagle em testes simulados, o que vem incomodando ela. Kei tenta melhorar o clima entre as duas quando Phantom, uma nova garota chega na base. Yashirodoori explica que elas formarão uma nova unidade de Animas: a "Unidade Independente de Testes Mistos".

Kei descobre mais sobre as particularidades de cada Anima ao discutir sua insatisfação com a Phantom com Yashirodori. Isso até aparecer uma missão, onde Eagle e Gripen precisam dar cobertura para Phantom enquanto ela coordena o ataque.

Mesmo irritado com as brigas internas, Yashirodori permite que Phantom e Gripen usem os simuladores para fazer um combate simulado, decidindo a rivalidade entre elas. Kei e Gripen vencem, fazendo Phantom aceitar a participar novamente da missão.

Apesar de sua defesa espetacular, o grupo consegue derrotar os Zai com a ajuda inesperada de uma outra Anima, Zero One. Logo depois disso, Kei se depara com uma garota muito parecida com Minghua, o que causa bastante confusão.

Kei tem um sonho misturando as memórias dele com as de Gripen. O grupo se encontra com um pesquisador americano, William Shankle, que revela qual será a próxima missão deles.

Uma missão para retomar Xangai, consistindo de um enorme ataque com mísseis e manter superioridade aérea está sendo planejada. Phantom não quer participar da missão, alegando que a missão é apenas um plano para os Estados Unidos se livrarem das Animas japonesas.

A primeira grande ofensiva da humanidade contra os Zai tem contratempos inesperados. Kei, Gripen e Rhino se separam da frota de ataque e, sem combustível, precisam pousar num aeroporto chinês - e o que encontram lá os surpreende.

O aeroporto é tomado pelos inimigos! O que são os Zai, o que são as Animas, como eles se relacionam, podemos conviver? Kei se questiona enquanto foge para salvar sua própria vida e a de seus amigos. Mas nem tudo pode ser salvo...