La flotte d'Anubis ayant été anéantie, les Grands Maîtres Goa'uld, inquiets de voir le plus puissant d'entre eux et sa flotte détruits en une seule bataille, décident de traiter avec les Terriens. En parallèle, étant donné qu'O'Neill est toujours coincé au pôle sud, Carter et Teal'c décident d'utiliser le vaisseau Goa'uld pour se diriger vers Halla et demander de l'aide des Asgard.

La flotte d'Anubis ayant été anéantie, les Grands Maîtres Goa'uld, inquiets de voir le plus puissant d'entre eux et sa flotte détruits en une seule bataille, décident de traiter avec les Terriens. En parallèle, étant donné qu'O'Neill est toujours coincé au pôle sud, Carter et Teal'c décident d'utiliser le vaisseau Goa'uld pour se diriger vers Halla et demander de l'aide des Asgard.

Le SGC a aidé le pilote d'une base russe en orbite, Constantinov, à éviter les débris d'une explosion où la liaison avait été mystérieusement interrompue par une intrusion extraterrestre. Plus tard, le général O'Neil refuse formellement d'intégrer le colonel Alexi Vaselov, dont les états de service dans l'Armée de l'Air sont pourtant irréprochables.

O'Neill gère une visite du président et des négociations entre deux tribus de la planète Amra quand SG-1 est capturée. Devant choisir entre la sécurité de l'équipe et le sort d'une planète toute entière, il remet en question ses compétences.

O'Neill, Samantha et Teal'c échappent à une explosion de gaz lors de leur mission. A leur retour à la base SG-1, ils ont le sentiment que Jackson, déclaré disparu, est toujours vivant. Ce dernier est retenu prisonnier par d'étranges créatures dont le chef désire connaître la destinée d'Amorak, sa femme, qui était venue sur Babylone, il y a plusieurs milliers d'années pour combattre les ...

Le SGC expérimente sur Teal'c, le meilleur des soldats, une nouvelle simulation ludique servant d'entraînement pour les troupes. Or, le jeu est évolutif et améliore son réalisme en s'adaptant à la puissance du joueur pour augmenter la difficulté.

Teal'c a obtenu l'autorisation de s'installer dans un appartement à l'extérieur de la Base. Malheureusement, le valeureux guerrier Jaffa a du mal à passer inaperçu au milieu des humains et inquiète sérieusement les autorités supérieures. Notamment après avoir fait la connaissance de sa voisine, Krista James, il disparaît avec la jeune femme en laissant le cadavre de son petit-ami derrière-eux. ...

Au siège de sa compagnie, Alec Colson, un homme d'affaires reconnu, s'apprête à faire une énorme révélation devant la presse. Son second, Brian, essaye de l'en dissuader, mais Alec pense que tout le monde a le droit de savoir ce que le gouvernement cache. Dans la salle de conférence, Alec salue quelques journalistes, puis monte à la tribune.

Teal'c apprend le prochain mariage de son fils Rya'c avec Kar'yn. Un mariage qu'il n'approuve pas. Pendant ce temps, menacée par une attaque, la base secrète d'Haktyl, dirigée par Ishta, est évacuée vers le SG-1.

Au SGC, le Sergent Davis et un de ses collègues sont de garde. L'un d'eux s'ennui car il ne se passe pas grand-chose à la base. Davis lui dit qu'une équipe peut arriver à tout moment, et par conséquent qu'ils doivent se tenir prêts. Ils se lèvent pour aller boire du café, quand soudain un flash blanc remplit la salle d'embarquement : la Porte des Etoiles a disparu.

Le SGC reçoit un code d'identification à la base. Il s'agit de celui de O'Neil, pourtant présente sur la base. Le signal date de quatre mois et le message contenu demande d'envoyer un MALP. L'engin envoyé détecte une présence : c'est Carter. Ou plutôt, le réplicateur créé à son image par Numéro Cinq, qui veut avertir la Terre d'une invasion imminente.

Malgré le refus catégorique de O'Neal, Daniel embarque à bord du Prométhée sur les ordres du Général, déterminé à partir à la recherche de la mission Atlantis. Au cours du voyage, il croise un Alkesh Goa'uld abandonné et intercepte un message de détresse d'une femme provenant du navire à bord duquel un terrible affrontement avec les Jaffa a fait rage.

La guerre entre les Goa'uls pousse certains d'entre eux à se réfugier sur les planètes isolées. Malheureusement, celle choisie par le Grand-Maître Ares est aussi celle où la Tok'ra a déposé Harry Maybourne, devenu roi de la contrée en utilisant le savoir des anciens. Connaissances qui lui ont notamment donné accès à la technologie pour voyager temps. SG1 est chargé de le rapatrier.

En rentrant chez lui, Jack découvre Robert Kinsey, le diplomate déchu, venu le solliciter pour sauver les Etats-Unis d'un complot organisé par la confrérie du NID. Cette organisation terroriste l'a contacté pour rencontrer le ministre de la Défense russe.

Dans une brocante avec sa femme Charlène, Joe Spencer met la main sur une pierre noire d'Egypte au contact de laquelle Joe vit par procuration les aventures du SGC. Durant sept ans, Joe, un modeste coiffeur de l'Indiana, va conter ses visions.

Carter rencontre les Grands Maîtres Goa'uld et les élimine, ce qui lance l'invasion galactique des Réplicateurs. En parallèle, Daniel est téléporté dans son vaisseau et elle décide de sonder son esprit, à la recherche du savoir des Anciens qu'elle suppose toujours présent dans son subconscient.

Dans les ruines du temple de Dakara se cache une arme des Anciens assez puissante pour détruire les Réplicateurs. Grâce à l'avertissement de Ba'al, SG-1 est au courant. Et grâce à Daniel et à son savoir Ancien refoulé, RépliCarter le sait aussi.

La grande bataille passée, l'équipe se tourne vers des affaires plus personnelles. Mais Anubis prépare une dernière tentative pour reprendre le pouvoir ! Jackson, lui, se réveille entre le monde des vivants et celui de ceux qui ont fait l'Ascension.

Jackson reçoit des documents indiquant la position d'un E2PZ en Égypte ancienne. Espérant que celui-ci pourra activer les défenses de la Terre et ouvrir un vortex vers Atlantis, SG-1 utilise une machine temporelle pour retourner en 3000 avant J.C.

La tentative de SG-1 pour récupérer un E2PZ en 3000 avant J.C. a changé l'Histoire, menant à un présent où la porte des étoiles n'a pas été découverte ! Carter et Daniel persuadent un O'Neill réticent de les emmener dans leur première mission.