In der Pilotfolge von „Butterfly“ wird David Jung, ein koreanisch-amerikanischer Mann, der vor neun Jahren seinen Tod vorgetäuscht hat, mit seiner Vergangenheit konfrontiert, als seine Tochter Rebecca, die jetzt als Attentäterin für den privaten Geheimdienst Caddis arbeitet, beauftragt wird, ihn zu töten.

Nach einer angespannten Begegnung bei einer Polizeikontrolle befinden sich David und Rebecca auf der Flucht vor Caddis. Doch ihr unerwartetes Wiedersehen wird durch Rebeccas Groll darüber erschwert, dass ihr Vater sie im Stich gelassen hat.

Rebecca, David und seine Familie fliehen in ein Safe-House in der Küstenstadt Busan. Die Spannungen in der Familie nehmen zu, als Rebecca sich mit der neuen Familie ihres Vaters auseinandersetzt. Und eine schockierende Enthüllung über Davids Vergangenheit mit Juno wird während einer gewalttätigen Konfrontation in einem Yachthafen enthüllt.

Nachdem sie Oliver entführt haben, nutzen David und Rebecca die Informationen, die sie von ihm erhalten haben, um einen Plan für die Verfolgung von Juno auszuarbeiten, der sie zurück nach Seoul führt, wo Gun und Caddis warten.

Juno verhört Oliver und findet heraus, dass er sie verraten hat, als er von David gefangen gehalten wurde. In der Zwischenzeit führen David und Rebecca eine PSYOP-Kampagne gegen Juno durch, die darauf abzielt, sie und Oliver zu entzweien und Caddis ein für alle Mal zu Fall zu bringen.

David verfolgt Rebecca, nachdem sie von Juno und Caddis-Agenten gefangen genommen wurde, was zu einer rasanten Verfolgungsjagd und einem brutalen Hinterhalt auf einem verlassenen Fabrikgelände führt.