スターゲイト アトランティス

電力システムの損傷によりアトランティスが停止を始めると、ロドニー・マッケイは不要なシステムをすべて停止させる。しかしわずか28時間のうちに、マッケイは都市のシールドが完全に機能不全となり、住民たちが宇宙空間の真空にさらされる可能性に気づく。

シェパード中佐はアトランティスを救うために必要なZPMを確保するべく、大胆な奇襲作戦を指揮する。だが、レプリケーターたちが都市への侵入に気づくと、シェパードのチームは彼らを食い止める任務か、アトランティスを救う希望を捨てるかの決断を迫られる。

ロノンは過去に関わりのあったサテダンの一団と再会し、レイスに対する危険な任務への協力をアトランティスチームに求められる。しかし、アトランティスのクルーが捕らえられた後、ロノンは旧友たちの新たな忠誠心の真実に直面する。

ジャングルの惑星での調査中、シェパードは光る結晶の成長体に触れ、感染性のエネルギー生命体の宿主となってしまう。アトランティスに戻ると、その存在は人から人へと移動し、クルー全員を危険にさらす。

アトランティスへ戻る途中、シェパード中佐は秘密の目的を持つ冷酷な人間の指揮官が操る反乱船に捕らえられてしまう。チームが彼を捜す中、シェパードは生き延びるための機知と資質が試されることなる。

記憶喪失を引き起こすウイルスにアトランティスが襲われる中、マッケイは自分が誰で何が起きているのかまったく分からない状態で目を覚ます。過去に自分が録画したビデオの指示に従い、マッケイは自らを解放し、この謎を解く鍵を探しに向かう。

ニューアソスに一泊の訪問で到着したテイラとケラー博士は、集落全体が放棄されていること、そして激しい戦士部族ボラ・カイによって自分たちの命が危険にさらされていることを知る。二人は、アトランティスから捜索隊が来るまで捕獲されぬよう身を隠さなければならない。

アソシアンたちの手がかりが依然としてまったく得られない中、テイラは自分の民を探す手助けができるかもしれない予言者ダヴォスに会うため、別惑星への訪問を要請する。一方アトランティスでは、ウールジー調査官がカーター大佐の監察と評価のために到着する。

レプリケーターのコード解析に多大な時間を費やした末、マッケイ博士は渋々、妹ジーニーの助けの必要性を認める。しかし彼女が行方不明になり、マッケイは真相を突き止めるべく地球へ向かい、誘拐の黒幕を明らかにしようと決意する。

マッケイ博士がスターゲイトが作動しない理由を解明しようと苦戦している最中、謎のプローブが都市へ突入する。プローブのスキャン中、マッケイはナノマシンのコードを示す衝撃的な映像を目にするが、直後に診断プログラムがクラッシュし、すべてのデータが失われてしまう。

レプリケーター艦を追跡する手段を手にしたアトランティスチームは、レプリケーターを完全に壊滅しようと奮闘する。そこで、彼らは進軍するレプリケーター軍の進路上にある人間の集落を急いで避難させようとする。

アトランティスの長距離センサーが、マッケイ博士になじみのある亜空間追跡装置の信号を検知する。チームがその信号を追うと、宇宙を漂う損傷したハイヴ船にたどり着く。船の記録を調べる中で、彼らは秘密のレイス基地に関する記述を発見する。

警報が鳴り響くと、マッケイは高度に感染力のある病原体が都市の自己防御システムを作動させたのではと疑う。重要なシステムが影響を受ける中、アトランティスチームは都市のさまざまな区画に閉じ込められ、脱出手段を失ってしまう。

外交関係を維持するため、シェパードとマッケイは早熟で生意気な若い姫、ハーモニーに同行し、必須の通過儀礼に参加することになる。しかし彼らは、彼女にはまだ対処すべき敵と性格的な問題があることを知らない。

ジョン・シェパード中佐は父の訃報を受け、地球へ戻る。しかし到着すると、暴走した危険な実験に巻き込まれてしまう―人間型レプリケーターが逃走しており、どんな犠牲を払ってでも再捕獲しなければならない事態に対峙する。

別惑星任務中、激しい地震に揺れる村でカーター大佐、マッケイ博士、ケラー博士はシンクホールに落ち、閉ざされた空間に閉じ込められてしまう。だが、その部屋から脱出しようとする試みはすべて、彼らをさらに危険な状況へと追い込んでいく。

IOAはクーリッジ氏に、テイラ・エマガンとロノン・デックスがアトランティス遠征に引き続き参加する適性について面談で判断する役目を任せる。しかし誰にも知られないところで、レイスによるミッドウェイ・ステーション侵攻計画がまさに開始されようとしていた。

行方不明のアソシアンたちを見つけるという決意をこれまで以上に強めたテイラは、答えを求めて交易集落へ向かうようシェパードを説得する。そこで彼らが目にするものが、誰一人予想していなかった衝撃的な発見へとつながっていく。

思いがけない帰還を果たしたカーソン・ベケット博士は、自分がこれまで捕らわれの身だったことを明かす。テイラは行方不明だったアソシアンの仲間の一部と再会し、彼らを見つけることができるもしもに備えて、全員を脱出させるための計画を練り始める。

テイラの捜索がまたも実を結ばず落胆したシェパード中佐は、アトランティスへ戻るがどこか様子がおかしいと感じる―都市は完全に放棄されていたのだ。そこで、マッケイは悲惨な未来を逆転させるため、危険な計画に乗り出す。