Hathor capture O'Neill et lui implante un symbiote Goa'uld qui pourrait le tuer. Pendant ce temps, l'équipe venue secourir O'Neill est vaincue par le champ de force invincible d'Hathor et le temps commence à manquer. O'Neill peut-il être sauvé ?

Quand l'équipe SG-1 traque un seigneur Goa'uld vivant sur Terre, elle découvre que l'extraterrestre a pris la forme d'un gourou aux disciples armés. O'Neill affronte le gouvernement et la secte dans une confrontation qui pourrait tous les détruire.

O'Neill (Richard Dean Anderson) tente d'arrêter une invasion des Goa'ulds. Ceux-ci demandent la destruction de la porte des étoiles, sans quoi ils passeront à l'acte. O'Neill ne leur fait pas confiance, mais le destin de la Terre en dépend.

Une mystérieuse tablette Goa'uld découverte sur une lointaine planète infecte tous ceux qui la touchent avec un hallucinogène. L'étrange pierre infecte Teal'c, puis toute l'équipe, sauf le général Hammond. Hammond peut-il l'arrêter et sauver SG-1 ?

Dans le cadre d'un échange avec la planète Orban, O'Neill va sur Terre avec une fille qui possède un savoir technique incroyable. Mais quand O'Neill découvre la vérité derrière l'intelligence supérieure de l'enfant, il est peut-être trop tard.

Des versions alternatives de Carter (Amanda Tapping) et Kawalsky (Jay Acovone) sont retrouvées dans la zone 51. Ramenés au SGC, ils commencent à dépérir. Tout retour dans leur réalité serait mortel, car leur monde a été envahi par les Goa'ulds !

SG-1 est capturée par un chasseur de prime qui traque un Goa'uld redoutable nommé Kel'tar. Il offre de les libérer s'ils l'aident. Ils acceptent mais découvrent que Kel'tar est un Tok'ra dont la capture mettrait en danger beaucoup d'autres Tok'ras.

Lors d'une mission, SG-1 découvre une civilisation médiévale et libère une femme attachée et promise à un démon en sacrifice. Quand la femme est libérée, le démon jure de détruire le village si l'équipe SG-1 ne lui est pas offerte en sacrifice.

SG-1 se retrouve en pleine bataille entre un groupe de soldats SG et une armée Jaffa. Prenant les soldats pour l'équipe SG-11 disparue, le colonel Jack O'Neill et ses équipiers les aident. Mais l'équipe SG mystère tourne ses armes contre SG-1 !

Lors d'un sauvetage de prisonniers abydoniens, Daniel retrouve sa femme perdue de vue, Sha're. Mais au lieu de le saluer, elle l'attaque, et Teal'c est forcé de l'abattre. Dévasté par sa mort et en colère contre Teal'c, Daniel quitte le SGC.

SG-1 se rend sur une planète dont les habitants souffrent d'amnésie. Leur chef Ke'ra rentre sur Terre avec SG-1 pour trouver un remède. Mais alors Ke'ra et Daniel développent une attraction, SG-1 suspecte que Ke'ra n'est pas qui elle prétend être.

Le père de Carter a été capturé sur une lune transformée en enfer. Jolinar est la seule à s'en être échappée, et les Tok'ra décident d'accéder à ses souvenirs dans l'esprit de Carter. Mais un vieil ennemi ressurgit et menace la mission !

SG-1 est capturée par un habitant de Netu qui veut utiliser les informations qu'ils possèdent pour renverser le Grand Maître Goa'uld Sokar. Avec une technologie Tok'ra, l'équipe est forcée de revivre des souvenirs douloureux. Pourront-ils résister ?

Pendant un examen médical de routine, le Dr Fraiser injecte un sédatif à chaque membre de l'équipe. Teal'c se réveille et voit le général Hammond conspirer avec Fraiser et deux aliens. Que s'est-il passé ? SG-1 peut-elle vaincre ses "alliés" ?

SG-1 est invitée à un "tribunat" sur la planète Tollana et est choquée de découvrir qu'il s'agit d'un procès qui déterminera le sort de leur ami Skaara. Daniel et O'Neill plaident face à un mystérieux Goa'uld pour sauver la personnalité de Skaara.

Les membres de SG-1 se retrouvent avec une spore extraterrestre implanté dans leurs têtes. L'implant évolue en un être appelé Urgo, qui prétend être amical. Mais l'équipe, méfiante, cherche à s'en débarrasser avant qu'il ne détruise leurs esprits.

SG-1 part sur Edora, une planète alliée, et observe la pluie de météorites annuelle qui illumine le ciel. Mais soudain, des astéroïdes bombardent la planète et détruisent la porte des étoiles. O'Neill et l'équipe pourront-ils rentrer sur Terre ?

Lors d'une mission sur Tollana, O'Neill vole une arme et la ramène sur Terre. Quand le général Hammond le découvre, il suspend O'Neill. Mais le comportement du colonel n'est que le début d'un mystère qui pourrait avoir de graves conséquences.

SG-1 se rend sur une planète où leur arrivée déclenche une guerre entre deux cultures. Un espion comprend que sa faction pourrait gagner la guerre si SG-1 et la porte des étoiles sont neutralisées. SG-1 le comprendra-t-elle à temps pour se sauver ?

Le Jaffa Bra'tac (Tony Amendola) arrive au SGC avec une étrange histoire de conflit interplanétaire avec Apophis (Peter Williams). Daniel en déduit que le conflit est à propos de l'enfant d'Apophis, et se dépêche de le retrouver avant Apophis.

Daniel trouve un crâne de cristal identique à celui découvert par son grand-père. Daniel regarde dans les yeux du crâne, et une force le fait disparaître. SG-1 doit retrouver le grand-père de Daniel pour percer le mystère du crâne et ramener Daniel.

O'Neill est enlevé par les Asgards et rencontre une nuée d'insectoïdes métalliques féroces en route pour détruire la Terre. O'Neill veut se sacrifier pour détruire le vaisseau. SG-1 trouvera-t-elle une solution pour arrêter ce plan apocalyptique ?