Megaton Musashi

Um herauszufinden, wo das Mutterschiff der Draktor im Kampf gegen die Ixia abgestürzt ist, besucht Arshem die Canyon-Stadt Solon. Zur gleichen Zeit verbreiten sich in der Seikoku-Akademie Gerüchte darüber, wer die Schule kontrolliert. Yamato, Jun und Reiji untersuchen die wahre Identität der verdächtigen Person, an die sie keine Erinnerungen haben.

In den Ruinen der Zuflucht Edesia tauchen Maschinen der Aliens auf, die Feuerbälle abfeuern. Yamato und seine Freunde werden von diesem ungewohnten Angriff in arge Bedrängnis gebracht. Dann ist da noch Arshem, die mit Victor zusammenarbeitet. Sie freundet sich mit den unbeugsamen Terranern auf der Oberfläche an, die sich weigern, das Leben aufzugeben, selbst wenn das Rote Ockerfieber sie pack...

Während sich die Ixia auf ihren zweiten Sprung vorbereitet, infiltriert Masamune Landauge für seine eigenen Pläne. Teru und Reiji sind die ersten, die von diesen Plänen erfahren und sofort aggressive Maßnahmen gegen ihn einleiten. Währenddessen erzählt Jun Momoka von den Veränderungen in ihrem Körper.

Die Ixia ändert aufgrund von Margarets Entscheidung ihren Kurs. Gleichzeitig wird Arshem mit Crouzade wiedervereint, ihrer eigenen Mutter, die einst versucht hatte, sie zu töten. Yugra und Miysis wollen Arshem gefangen nehmen und greifen an. Yamato und seine Freunde stellen sich mit Victor gegen sie.

Als die Oberflächenbewohner mit ihrer Umsiedlung beginnen, befiehlt Grieffas einen Angriff auf die Siedlung. Entschlossen, Arshem nicht ins Kreuzfeuer geraten zu lassen, beschleunigt Yugra seine Suche nach ihr, trifft aber schließlich auf Victor. Währenddessen beginnen die Draktor ihren Angriff, setzen die Stadt in Flammen und sorgen für Chaos unter der Bevölkerung.

Yugra und Miysis schleichen sich mit dem Auftrag, mehr über Yamato in Erfahrung zu bringen, an Bord der Ixia. Zur gleichen Zeit diskutieren die Blaumäntel darüber, wie sie die Draktor-Festung an der Volt-Linie einnehmen können. Kota und der Rest der Mitarbeiter von Landauge stellen eine Strategie vor, die der Schlüssel zu ihrem Sieg sein wird.

Arshem und ihre Gefährten kommen in dem Dorf an, das die Xidol-Soldaten auf der Erdoberfläche zurückgelassen haben. Dort erfährt sie, dass sie sich gegenseitig beim Überleben helfen, ohne Rücksicht auf Rang und Hierarchie. Währenddessen macht sich Reiji, der sich Sorgen um Jun macht, auf den Weg zu einem besonderen Ort.

Angesichts der bevorstehenden Festungskampagne bereiten sich alle Piloten und Besatzungsmitglieder der Ixia auf ihre eigene Art und Weise vor. Währenddessen erfahren Yugra und Miysis von Mirais Existenz. Teru spürt die Gefahr und holt Mirai aus dem Labor, aber ...

Der Feldzug gegen die Draktor-Festung beginnt und die Ixia startet eine Großoffensive. Durch ihre Strategien und ihren Verstand wendet sich das Blatt zugunsten von Yamato und Kollegen. Doch schon bald werden sie von den Plänen der Draktor überrumpelt.

Als die Meinungen auseinandergehen, schlagen Arshem und Margaret einen neuen Weg für die Erde und Xidol vor. In Togomon findet ein Fest statt, bei dem die beiden Menschen ihre Beziehung vertiefen können. Arshem und Yamato treffen sich zum ersten Mal seit langer Zeit wieder und verbringen Zeit miteinander. Doch dann ...

Die Ixia kommt an ihrem Ziel an und alle werden ins Innere geführt, wo sie eine riesige Basis vorfinden, die mit der gesammelten Technologie der Erde gebaut wurde. Commander Dixenberg bittet Margaret, ihm an einen anderen Ort zu folgen.

Dixenberg fliegt mit Margaret ins All, um sein Ziel zu erreichen. Die Mitarbeiter von Landauge, die von Professor Haruma und seinem Assistenten auf die Brücke des Schiffes gerufen wurden, starten das Schlachtschiff, um sie zu verfolgen.

Inmitten des erbitterten Kampfes im Weltraum trotzen Yamato und die anderen der Gefahr und greifen den Feind an, um seinen Vormarsch zu stoppen. Während Yoshitsune sich MusashiX in den Weg stellt, tritt Grieffas in Xidolgor gegen Veloa an.

Musashi X macht sich auf den Weg zum Ziel, nachdem die Verbündeten den Weg bereitet haben, doch der heftige Angriff der Yoshitsune lenkt sie ab. Mit unerwarteter Hilfe wehren Yamato und seine Freunde die Verfolger ab und dringen weiter vor. Der Kampf um das Schicksal des Planeten nimmt eine entscheidende Wendung.

Nach der entscheidenden Schlacht im Weltraum werden auf der Erdoberfläche neue Pläne geschmiedet. Währenddessen nähert sich eine neue Bedrohung mit El Zeid, die Xidol zerstört haben. Neue Kräfte erwachen im Kosmos, um sich der überwältigenden Macht der El Zeid entgegenzustellen.