テイルズ・オブ・ザ・ミュータント・タートルズ

ニンジャ・タートルズは離ればなれになって逃げ惑う。レオナルドはリーダーだが率いる兄弟がいなければ何者なのか？レオは兄弟を救うためにビショップと彼女の作ったメカゾイドたちを止めなければならない。

マイキーは兄弟を救うため、ビショップのインターンのロッドの助けを借りる。だがロッドは見返りを求め、ミュータントになりたいと言い出す！窮地を抜け出すため、マイキーは責任を取らなくてはならない。

メカゾイドと悪名高きギャング、パープル･ドラゴンズに挟み撃ちに遭っては、ラファも腕っ節だけでは太刀打ちできず、頭を使わなくては切り抜けられない！

ドナとビショップの知恵比べが始まり、ドナはメカゾイドを止めるため、ニューヨークの地下鉄を駆け回る。だが自分の動きを読んでいるAIをどうすれば倒せるのか？

ビショップと呼ばれる女の正体とは！なぜ彼女はミュータントを憎むのか？メカゾイドの秘密とは？そしてタートルズが彼女のワナにかかった夜、一体何があったのか？

タートルズはビショップとの対決に挑むが、彼女はメカビショップとなって対抗する！だがメカゾイドが制御不能になった時、タートルズは人類を救うことができるか？

タートルズとミュータニマルたちは世紀の嵐に見舞われる。しかし街には新たなミュータントの脅威が迫っていた。ラファは自分の言葉を使って助っ人にならざるを得なくなる。

マイキーとジンギス･フロッグは嵐の中、地元の店に買い出しに行かされる。そこで電気ウツボのリーと遭遇。マイキーはリーダーとなって戦わなければならなくなった。

隠れ家で増水があり、エイプリルはスプリンターを助けに行くが、スプリンターは下水道から離れようとしない。更に悪いことに、ゴールドフィンという名のミュータントが現れ、自分の邪魔をするなと警告する。

ドナとウィングナットは隠れ家の電気を復旧させるため出かけるが、イースト･リバー･スリーのワナにかかってしまった！水かさは増し、そこにはモンスターまでいた。

タツノオトシゴのミュータント、マスタング･サリーは街に洪水を起こそうとしていた。それを阻む者はレオとピジョン･ピートだけ。リーダーでいることは、それほどいいことではなかった

イースト･リバー･スリーの勝利が目前！タートルズとミュータニマルたちは彼らを阻止するために力を合わせるが、そこには予想外の展開が...。パールとは何なのか、ゴールドフィンはなぜそれを欲しがるのか？