NCIS: LA ~極秘潜入捜査班

第２３２部隊を退役したばかりの元軍人が何者かに誘拐され拷問を受けて遺体となって発見される。報奨金付きの指名手配犯を追う部隊にいたためその情報を狙う何者かに殺されたらしい。カレン達の潜入捜査が黒幕に迫る。

スイスの古美術商が殺害された。彼はヘティが注意人物としてマークしていた闇商人だった。カレン達は密輸の取引相手が書かれたといわれる秘密の本の行方を追うが、各国の諜報員が躍起になって捜すほど価値のある本だった。ヘティは本の行方を探るため介護施設に入っている元諜報員の夫を訪ねるが...。

長い間潜伏しているスリーパー・スパイの存在が明らかになり、ロシアも秘密の本を狙っていることが分かる。一方、ケンジーが潜入捜査中に捕まり人質に取られてしまう。カレン達はＣＩＡと銃撃戦になる。

クリスマスイブの夜、銃撃戦が起こり２人が死亡した。死亡者は衛生兵と麻薬の売人。唯一の目撃者は元海軍の情報将校でＰＴＳＤを発症していた。カレン達は捜査を進めるうちに彼は記憶力抜群の異常者であることが分かる。

検視局に侵入した男達がインターンを射殺し検視中の遺体を持ち去る。残留物のサンプルから対テロ作戦に使う検知システムのタグ付けされた遺体だった。追跡すると放射性医療品を盗むために遺体が盗まれたことが判明する。

国防総省の極秘ファイルが盗まれ転送された。転送先は政府のスキャンダル暴露を専門とする人気ブロガー。しかしサムとカレンが家を訪ね、彼の死体を発見する。情報漏えいの容疑者は絞られるが、盗まれた極秘ファイルの中身は...。

連邦刑務所に収監されているモーを監視するためサムが刑務所に潜入する。一方でテロ組織を追うため刑務所にはネイトが潜入していた。しかし密告者によってサムとネイトの正体がバレそうになる。

カレンの家に男が侵入した。カレンは旧友アルカディの仕業だと直感し彼を訪ね、家に侵入した男を突き止める。一方で偽造ＩＣチップの密輸取引が行われる情報が入り、武装した３つのグループの抗争を避けるためカレン達は奔走する。

海兵隊員が汚職警官と接触しているという情報を得て、カレンとサムはハイウェーパトロールに潜入捜査をする。しかし彼らの目の前で核弾頭を乗せたトレーラーが強奪され爆発予告の映像が届く。

ディークスは強盗を目撃し捕まえようとするが撃たれる。命は取り留めたが不自然な点がいくつか浮かぶ。彼のことを恨んでいそうな容疑者を３人に絞るが、カレンとサムは本当の標的に気づく。

サムの手引で脱獄した男から連絡が来た。へティの心配を尻目にサムは指定された場所へ行くが、そこに用意されていたのは偽造パスポートと航空券。サムは非常に危険な潜入捜査に就くのだった。

桟橋で男が絞殺された。匿名で送られてきた写真には絞殺された男と会う海軍情報局の少佐が写っていた。ＮＣＩＳが捜査を始めると大物政治家がＬＡで資金集めのパーティーを開くことが分かり、暗殺計画が企てられていることを知る。

警備が厳重な基地の倉庫に泥棒が入る。倉庫は機密情報も収納されているためＮＣＩＳが捜査を始めるが、黒幕は美術品泥棒の大物ということが分かる。ケンジーの潜入捜査によって。大きな仕事を計画していることが判明する。

ロケット製造業者が衛星のテスト中にテストルームに閉じ込められて死亡する。衛星には最新の極秘技術が使われていることから国防総省の要請を受けてＮＣＩＳが捜査に乗り出す。専門知識が必要とされるためエリックが初めて現場に出ることになる。

ディークスの幼なじみレイは犯罪者から更生して情報の提供者をしている。そのために命を狙われる彼を移住させる計画を立てるが、彼はＬＡから出ていなかった。再び彼はギャング集団から命を狙われてしまう。

レストランに火だるまの男が現れ死亡する。身元は不明で遺体から放射性医薬品が検出されたためＮＣＩＳが捜査に乗り出す。被害者の家からＳＥＡＬのバッジが見つかり、元ＳＥＡＬを名乗り偽名を使っていたことが分かる。一方でオフィスに戻ったカレンたちは、ヘティが辞めたことを後任者から聞かされる。

辞任して姿を消したヘティは組織の隠れ家に来ていた。カレンとサムは後任者に反発を感じつつヘティを捜して彼女の家へ行く。しかしそこにいたのはヘティが持っているデータファイルを狙って雇われた殺し屋達だった。