Antonia Scott är världens smartaste kvinna, vilket är både en gåva och förbannelse på samma gång. Tack vare sin intelligens blev hon den röda drottningen av en hemlig experimentell polisstyrka. Dock fick en personlig tragedi henne att dra sig tillbaka. Jon Gutiérrez är en polis i trubbel som måste övertyga henne att återvända och lösa ett fall som sätter både hennes förmågor och förflutna på prov.

Ezequiel har mördat Álvaro Trueba och kidnappat Carla Ortiz, vilka båda är de förstfödda barnen till några av Spaniens mäktigaste familjer. Jon samtycker till att bli Antonias väpnare. Även om de inte kommer överens till en början är de nära att fånga Ezequiel efter en hisnande jakt där alla är på helspänn. I sin cell får Carla reda på att hon inte är Ezequiels enda fånge.

Antonia och Jon har bara börjat och de har redan vänt kidnappningsenheten, Ramón Ortiz, Laura Trueba och Mentor, den hemlighetsfulla ledaren av Röd drottning, mot sig. Undersökningen uppdagar inget annat än lögner. Både Antonia och Jon inser att vad Ezequiel egentligen begärt av Ortiz och Trueba är att de erkänner sina egna brott. Ezequiel ligger alltid steget före och är nu ett hot mot Antonia.

Antonia vaknar ensam framför en väggmålning. Varför dödade Ezequiel inte henne? Mördaren ville framföra ett budskap. Ett budskap som leder Antonia och Jon till en taxi och Ezequiels sanna identitet. Kidnappningsenheten har också hittat Ezequiels adress och taxi, men Antonia inser att pusselbitarna inte går ihop helt.

Antonia och Jon upptäcker att Ezequiel inte är ensam utan har sin dotters hjälp. Inget går ihop och de har gjort för många misstag. Först när kidnappningsenheten går i en fälla inser de att det inte var några misstag. Carla Ortiz uppdagar sanningen om den kidnappade kvinnan i den andra cellen. Jon begår en blunder som får Mentor att avsluta fallet och avsätta Antonia som Spaniens röda drottning.

Antonias far anklagar henne för att ha kidnappat sin egen son och ska få henne häktad, men Jon hjälper henne fly. Ensam och med polisen efter sig försöker Antonia gömma sig och hitta ett sätt att rädda sitt barn. Med sina minnen, sitt intellekt och sina gamla vänner samt en utklädnad står Antonia inför det viktigaste uppdraget i sitt liv.

Jon och Antonia återförenas. Drottningen och väpnaren är i en kamp mot klockan medan de utforskar de underjordiska tunnlarna fulla med fällor och bomber. Sandra och Ezequiel väntar på dem och både Jorge och Carlas liv står på spel. Antonia vet att det inte är över. Sandra är inte den hon utger sig för utan är profeten åt någon långt mäktigare. Någon som redan förstört allt Antonia älskar.