Les Tortues se réfugient dans une ferme isolée pour se remettre de leurs blessures. Leonardo suit une rééducation physique et mentale guidée par une apparition de Splinter. Une fois rétablis, les frères retournent à New York pour libérer la ville de l'emprise des Kraangs et du Clan des Foot, tout en recherchant Karai.
