Mason, Nadia et Bernard se cachent en Europe après les événements de la saison 1. Tandis que Mason lutte avec son identité et que Nadia fuit avec sa fille de l'agent Aparna, Bernard s'allie avec l'ancien agent de la CIA Hutch pour arrêter Paulo Braga. Un secret surgit quand Nadia fait face à Frank Sharpe.

L'évasion d'Abby déclenche un chaos mortel alors que Mason affronte Manticore. Tandis que Paulo et Joana déploient leur arme, Bernard et Hutch tentent de regrouper l'équipe. Après un duel violent avec Nadia, Mason sollicite un vieil ennemi et découvre le sombre secret de Bernard.

Alors que le plan de Paulo s'accélère, Mason et Nadia sont forcés de s'allier. Avec Bernard, Hutch, Celine et Frank Sharpe, ils montent une mission audacieuse pour découvrir l'identité d'un mystérieux hacker qui est la clé pour empêcher une catastrophe mondiale.

Après avoir découvert la véritable identité d'Edison, l'équipe pivote vers un gala de haut vol où leur cible est attendue. Mais alors que les tensions entre Mason et Nadia atteignent un point de rupture et que les ennemis se rapprochent, une décision isolée menace de bouleverser toute la mission.

Mason et Dahlia lancent un échange de prisonniers risqué pour la libération d'Abby. Mais alors que Mason vacille et menace le plan, les deux camps se hâtent, menant à une révélation choc d'Abby qui change tout.

Alors que Joana accélère le plan pour assassiner le président russe au sommet du G8, Mason et Nadia cachent Abby en Écosse. Mais quand ils découvrent l'horrible vérité sur ce qui a été fait à Abby, cela déclenche une chaîne d'événements dévastateurs.

Les agents de Citadel se dépêchent d'empêcher Joana d'assassiner le président Aronov lors du sommet du G8, où celle-ci prévoit de prendre le contrôle des satellites russes. L'équipe doit mener à bien une mission d'infiltration périlleuse et faire face à des choix impossibles et mortels lors d'une confrontation finale.