多羅羅

時值戰國。醍醐之國的領主景光為了祈求領地繁榮，以自己即將出生的孩子為籌碼与鬼神做成一笔交易。光陰荏苒，有一天，小盜賊「多羅羅」遭到妖怪襲擊，一名古怪少年出手相救。而少年全身上下均為人造之物。

多羅羅和百鬼丸來到一個村莊，統領這裡的是一個名叫萬代的女人。沒想到百鬼丸突然對萬代拔劍，村民們將他關進倉庫並鎖了起來。然而百鬼丸在倉庫裡遇見一位先到之客……。

名叫壽海的醫生行走江湖，給在戰爭中受傷的人們裝上假肢。有一天，他在河邊撿到一個身體各部位殘缺不全的嬰兒，便賦予他人造身體並養育了他。被取名為「百鬼丸」的這名少年，為了找回自己的身體而踏上了旅途。

多羅羅和百鬼丸一起，與殺手田之介對峙。他手中揮舞的刀是一把鬼神吸附並遭到詛咒的妖刀。兩人雖然勉強擊退了田之介，但妖刀到了多羅羅的手上，並開始操控多羅羅。

因聽不慣「聲音」而痛苦不堪的百鬼丸在與妖怪的戰鬥中負傷，他邂逅了名叫美央的少女。少女照料那些因戰爭而失去了父母的孩子們，百鬼丸也接受了她的照顧。然而，當百鬼丸覺察到附近有鬼神的存在，他不等自己傷好便趕去擊退鬼神。

百鬼丸雖然從鬼神那裡奪回了聲音，卻失去了自己的腿。他回到破敗的寺廟療傷後，再次向鬼神挑戰。而此時美央他們正在破廟等待其歸來，卻……。

名叫絡新婦的蜘蛛怪被百鬼丸擊傷，為了療傷而變成女人模樣，並利用名叫弥二郎的青年。多羅羅與百鬼丸沒能逮到絡新婦，卻在順道駐足的村莊，聽到有擄人魔出沒的傳聞。

為了安撫身體被黑雲籠罩的大蜈蚣怪，在某個村莊有一個習慣，必須把年輕女子作為祭品獻出去。百鬼丸與姐姐淪為祭品的少年薩魯一起，在多羅羅的協助下力鬥蜈蚣怪。

多羅羅因高燒而神智迷糊。朦朧之中曼珠沙华進入了多羅羅的視線，這讓多羅羅回憶起與父親火袋、母親自夜一起度過的往日情景。

醍醐之國領地内有一個村莊，那裡的村民飽受湖怪的傷害。多寶丸與隨從兵庫及陸奥兩人一起，自告奮勇地要為村民們驅逐妖怪。

多羅羅與百鬼丸進入醍醐領地後，聽說在國境的要塞遺址有一塊巨大的板牆。百鬼丸跟現身板牆的狐狸鬼怪對峙。

景光將自己的孩子獻給鬼怪。百鬼丸想要拿回自己被奪走的身體。此刻的兩人就像是在命運之力下，互相吸引並面對彼此。

多羅羅出了醍醐領地後，眼前出現一尊矗立在瀑布背後的巨大不動明王像。這尊象徵智慧的佛像，其真實面目卻是收集人臉並據為己有的妖怪。

多羅羅和百鬼丸來到一處燒毀的寺廟遺跡，遇見此地首領、一個名叫鯖目的男子。兩人接受邀請造訪鯖目住處，聽他說起燒毀的寺廟和鬼怪話題，卻感到頗有蹊蹺之處。

鯖目為了守護自己掌管的村落，而將百姓作為食物獻給鬼神，百鬼丸再次與蛾之鬼神對峙。而此時被關在倉庫裡的多羅羅又將如何呢……

多羅羅在黃鼠狼帶領下，向火袋隱藏財寶的海岬進發。正當他尋找去海岬的擺渡船時，獨臂少年不知火叫住了他。

壽海在戰場遺址與全身是血的百鬼丸重逢，並且得知了百鬼丸被奪走的身體與鬼神的關係。百鬼丸請求壽海給自己新的假腿。

鯊魚的鬼神發出咆哮，眼看就要襲擊被五花大綁的多羅羅。與此同時，多宝丸率領的一支部隊正在逼近海角……。

多羅羅跟百鬼丸为了修理折斷的刀，動身去一個村莊，那裡住著一位名叫宗綱的刀匠。一到宗綱家，其女古和前來迎接。

多羅羅和百鬼丸為了尋找鬼神而走在山路上，忽然遇見一位名叫賽之目三郎太的少年。少年自稱他也在找鬼神，於是三人便一起上路去打鬼神了。

醍醐景光正準備與鄰國朝倉開戰。當景光收到百鬼丸正在朝著醍醐領地進發的消息時，便讓多寶丸前去討伐。

多羅羅在醍醐城被帶走並關進了牢房。縫出現在牢房前。而此時百鬼丸為了跟多羅羅一起找回自己的身體，正朝著醍醐城進發，化為亡靈的 渾身號屹立在他身後。

百鬼丸跟鬼神之力附身的多寶丸、陸奧、兵庫對峙。多羅羅、阿縫、琵琶丸趕來，目睹他們為了醍醐之國何去何從而展開殊死搏鬥。

醍醐城被大火包圍。血脈相連的兄弟遭到命運的捉弄。多羅羅、壽海、阿縫各自懷著不同的心情趕往城中。還沒來得及發出第一聲啼哭的生命究竟將要去往何方？