La Going Merry arriva finalmente all'isola di Alabasta. Rubber lascia subito la nave in cerca di cibo, mentre Bibi spiega che come prima mossa devono arrivare alla base dei ribelli. Chopper inizia ben presto a subire gli effetti delle alte temperature dell'isola, che ha clima opposto a quella di Drum.

La ciurma di Cappello di Paglia, orfana del suo capitano disperso nel deserto, scopre che un viaggiatore con un cappello arancione sta chiedendo informazioni in città su Rubber. Si imbattono anche in Smoker e Tashigi, anche loro arrivati ad Alabasta con l'intento di arrestarli.

Ace affronta Smoker per permettere a Rubber e compagni di fuggire, ma quest'ultimo finisce per perdersi di nuovo. Ace lo raggiunge e insieme i due fratelli sconfiggono alcuni membri della Baroque Works, prima di arrivare finalmente alla Going Merry.

Bibi affida un'importante missione a Karl: dovrà correre al palazzo reale per avvertire suo padre del complotto di Crocodile. Nel frattempo loro dovranno attraversare il deserto per raggiungere l'oasi dove si radunano i ribelli.

La ciurma di Cappello di Paglia, insieme a Ace e Bibi, affrontano il deserto. Il caldo diurno e il freddo notturno destabilizzano il gruppo, messo anche in difficoltà dalla flora e dalla fauna locale.

Ace, separato dal resto del gruppo, si trova ad affrontare uno scorpione gigante. Nel frattempo, Rubber e la sua ciurma si imbattono nei pirati del deserto, che avevano catturato Nami, Bibi e Ciglione.

Separatisi dai pirati del deserto, Rubber e i suoi amici si riuniscono ad Ace e si avvicinano al prossimo villaggio. Qui, un gruppetto di truffatori sta cercando di ingannare gli abitanti, che però gli chiedono di difenderli dai pirati in arrivo.

Bibi racconta a Nami e agli altri la storia dell'esercito dei ribelli, partendo dalla sua infanzia e di quando aveva fin da piccola stretto amicizia con Koza, ora capo dei rivoltosi.

La ciurma si imbatte in due ragazzini, che chiede ad Ace di catturare per loro un uomo. Il caso vuole che si tratti di Scorpion, proprio l'uomo che sta cercando Ace. Colui che ha dichiarato di aver sconfitto Barbanera.

La traversata nel deserto è molto probante per la ciurma. Chopper è KO per il caldo, mentre Rubber finisce preda dei miraggi e scambia Zoro per Crocodile.

Il piano di Crocodile sta per entrare nel vivo. Tutti i principali membri della Baroque Works si radunano, pronti ad entrare in azione. Anche Mr.3 è arrivato, ma ha paura a farsi vedere perché teme di pagare le conseguenze del suo fallimento.

Miss Domenica accoglie gli ufficiali della Baroque Works e Crocodile si rivela in volto per la prima volta ai suoi sottoposti, causando la sorpresa dei presenti. Il capo della Baroque Works chiede ai suoi ufficiali di eliminare la principessa Bibi e i membri della Ciurma di Cappello di Paglia.

Karl è riuscito ad arrivare a palazzo e a far arrivare la lettera di Bibi a suo padre, Re Cobra, che così scopre che Crocodile, che credeva suo amico, è in realtà il capo della Baroque Works, quindi la persona dietro ai disordini del suo regno.

Per sfuggire agli uomini di Smoker, Rubber e i suoi compagni fuggono nel Casino di Rainbase, che è però la base operativa della Baroque Works. Qui infatti finiscono dritti nelle grinfie di Crocodile.

A palazzo, il Re non si trova da nessuna parte. Viene però avvistato in un villaggio, insieme al suo esercito, dove però semina il terrore tra la popolazione. Cosa è successo al Re?

I ribelli partono alla volta di Alubarna mentre l'esercito reale si prepara a respingere l'attacco. Nel frattempo, Crocodile getta la chiave della gabbia di Rubber e compagni tra i suoi coccobanana. Bibi deve a tutti i costi recuperarla.

Con uno stratagemma, Chopper riesce ad attirare Crocodile fuori dal casinò. Nel frattempo Sanji, accompagnato da Bibi, arriva davanti la gabbia dei suoi compagni e affronta i coccobanana per recuperare la chiave.

Smoker lascia andare Rubber e i suoi compagni, e poi dà ordine di radunare tutte le forze della marina verso la capitale di Alabasta. Anche la ciurma di Cappello di Paglia si mette in viaggio verso la stessa destinazione, ma Crocodile si pone davanti a loro e Rubber decide di affrontarlo.

Crocodile trapassa Rubber con il suo uncino, per poi farlo inghiottire dalle sabbie. I suoi compagni, ignari della sorte del loro capitano, proseguono il viaggio verso Alubarna in groppa al granchio gigante.

Inspiegabilmente, Miss Domenica trae in salvo Rubber e lo affida alle cure di Pell. Nonostante le gravi ferite, Rubber chiede del cibo, accecato dalla rabbia verso Crocodile per il complotto che ha ordito contro Bibi.

La ciurma di Cappello di Paglia, con uno stratagemma, riesce a ingannare gli ufficiali della Baroque Works, per evitare che intercettino Bibi. Chopper e Usopp affrontano Mr.4 e Miss Merry Christmas. Mr.2 scopre Bibi, ma viene intralciato da Sanji.

Mr.4 e Miss Merry Christmas sono una combinazione letale e sanno coordinare alla perfezione i loro poteri. Usopp capisce che deve usare il cervello per riuscire a contrastarli, anche a costo di ingannare il suo stesso compagno.

Miss Merry Christmas rivela a Usopp che il suo capitano è stato sconfitto da Crocodile, ma lui non vuole crederle. I due agenti della Baroque Works intensificano gli attacchi, ma nonostante le ferite Usopp resta in piedi.

Mr.2 ha inizialmente la peggio contro Sanji, ma quando capisce che trasformandosi in Nami rende inerme il suo avversario, le sorti dell'incontro si capovolgono. Nonostante Sanji sappia che si tratti sempre di Mr.2, non riesce a colpirlo quando ha l'aspetto di Nami.