Nadat men jaren heeft aangenomen dat FBI-agent Emily Byrne mogelijk een slachtoffer was van de seriemoordenaar Conrad Harlow, wordt ze op miraculeuze wijze teruggebracht bij haar gezin. Emily heeft echter moeite met het mysterie van haar gevangenschap en het feit dat iedereen zonder haar verder geleefd heeft.

Conrad Harlow, de vermeende seriemoordenaar die werd verdacht van Emily's moord, wordt vrijgelaten. Emily heeft het mysterie van haar ontvoering en gevangenschap nog helemaal niet opgelost. Terwijl Emily probeert haar normale leven op te pakken, bevestigt een getuige de vermoedens over Emily.

Als de getuige tegen Emily wordt vermoord, lijkt her erop dat Emily haar vermoord heeft. Terwijl Tommy Gibbs en de hoofdcommissaris van de politie van Boston Emily beschuldigen, zoeken zij en Nick naar een FBI-agent die de getuige heeft laten liegen. Emily vermoedt dat die agent verantwoordelijk is voor haar ontvoering.

Het bewijs tegen Emily is te veel om door de FBI en de politie van Boston genegeerd te worden, dus vragen ze haar zichzelf aan te geven. Temidden van de chaos, komen de oude gevoelens tussen Nick en Emily weer omhoog. Emily besluit dat ze liever vlucht om het mysterie op te lossen dat haar leven verpest.

Er wordt met meer inzet naar Emily gezocht als een FBI-agent dood wordt gevonden. Nick begint zich vragen te stellen over Emily en haar terugkomst.

Emily ontsnapt met moeite aan de politie en keert terug naar Boston, waar de enige die haar kan helpen, haar wellicht kapot wil maken.

Door nieuw informatie over haar ontvoering, leidt het onderzoek van Emily naar haar jeugd. Nick ondergaat een ander drama.

Emily komt steeds dichter bij de oplossing van het mysterie van haar ontvoering. Nick is gedreven in zijn zoektocht naar Alice en Flynn. Zullen de onderzoeken van Emily en Flynn ze kapotmaken?

Nick en Tommy zitten Emily op de hielen. Ze krijgt een belangrijke aanwijzing die haar terugbrengt bij het begin.

Het verleden en het heden van Emily komen op tragische wijze samen. Kan ze Alice en Flynn redden en haar onschuld bewijzen?