Satsuki Kakeru führt ein gewöhnliches Leben zusammen mit seiner Kindheitsfreundin Minase Yuka. Trotz seiner schmerzhaften Vergangenheit genießt er sein Schulleben mit Tadashi, Kaori und Yuka, die alle nett zu ihm sind. Doch eines Tages schmerzt sein rechtes Auge, auf dem er seit seiner Geburt blind ist, und findet sich in einer unheimlichen, purpurroten Welt wieder …

Kakeru und Yuka sind erneut in dieser unheimlichen, roten Welt gelandet. Dort angekommen, werden sie von abscheuliche Monstern überfallen und umzingelt. In der Stunde ihrer größten Not eilt ihnen Kusakabe Misuzu mit ihrem Schwert mit den rästelhaften Kräften zur Hilfe.

Kakeru erhält auf einem Zettel die Botschaft: „Du hast den Dämon erweckt." Daraufhin ist er besorgt, dass er Schuld an der Roten Nacht trägt. Er beschließt, Yuka unter allen Umständen beschützen zu wollen. Zu diesem Zweck bittet er Misuzu, ihn im Schwertkampf zu unterrichten, damit er sich besser wehren kann.

Kakeru und seine Freunde treten dem Modernologie-Klub bei. Die Leiterin des Klubs ist Hirohara Yukiko. Diese freut sich sehr über den großen Zuwachs. Während sie ihre Freude kaum zügeln kann, versinkt Kakeru in Gedanken an seine tote Schwester, die er vor Kurzem erneut gesehen hat.

Nachdem Yuka durch ihre Blutarmut ohnmächtig wurde, ist Kakeru sehr um sie besorgt. Er besucht sie im Krankenzimmer, als schließlich auch Takahisa dort auftaucht. Kakeru ärgert sich über Takahisas schnippische Bemerkung. Doch erfährt er überrascht von der gemeinsamen Vergangenheit von Frau Saiko und Takahisa.

In Kakeru erwacht endlich seine Kraft, doch sein Körper ächzt unter der schieren Belastung. Misuzu soll in der Lage sein, Kakeru zu heilen, dessen gesamtes Nervensystem kollabiert ist. Niemand soll während der Heilungszeremonie den Raum betreten, doch Yuka erhascht unbeabsichtigt ein Blick auf das Ganze.

Die Rote Nacht bricht an, doch Yuka ist verschwunden. Takahisa hatte einen lädierten Penzou-san aus dem zerstörten Krankenzimmer mitgebracht. Doch im Krankenzimmer ist von Yuka keine Spur zu finden. Voller Sorge teilen sich Kakeru und die anderen auf, um nach Yuka zu suchen.

Endlich sind Yukas Kräfte erwacht. Mit dieser Kraft kann sie sämtliche Kräfte um sich herum neutralisieren. Nach der vergangenen Roten Nacht schläft die erschöpfte Yuka viel. Auch Yukiko fühlt sich nach den letzten Ereignissen nicht gut und benötigt Erholung. Kakeru und die anderen schwänzen daher gemeinsam den Tag in der Schule. Doch diese Verschnaufpause währt nur kurz …

Im Krankenzimmer finden Takahisa und Yukiko die bedauernswerte Saeko vor, wie sie im Raum baumelt und von Superbias Klinge durchbohrt ist. Saekos plötzlicher Tod lässt Takahisa völlig verzweifeln und greift voller Zorn Superbia an. Während er die fliehende Superbia verfolgt, brennt Ayamagaoka im Höllenfeuer seines Zorns lichterloh.

Kakeru und Misuzu erfahren von Shiori, in welcher erschreckenden Beziehung sie zu den schwarzen Rittern stehen. Sie enthüllt auch die wahre Identität von Lisette, die sich in der Gefangenschaft der schwarzen Ritter befindet … Die beiden sind von dieser Geschichte völlig überrumpelt und verstört, doch dann …

Mit Yukas Hilfe konnte Lieselotte ihre Kräfte als Hexe von Babylon zurückgewinnen, indem sie mit dem Splitter der Leere verschmolz. Sie möchte daraufhin Yuka töten, obwohl sie auf ihrer Seite steht, doch Kakeru wird zum starken Schild, der Lieselottes Angriff auf Yuka abwehrt. Allerdings bricht dabei seine Schwertspitze ab und durchbohrt gnadenlos Yukas Herz …

Mit der Kraft der Zukunftsvision vom Auge von Aeon verhindert Kakeru die schlimmst mögliche Zukunft, in der er Yuka verlieren würde. Doch gegen Lieselottes Übermacht bleibt er chancenlos. Ihm wird bewusst, dass er Lieselottes Bestreben, sein rechtes Auge an sich zu bringen, vereiteln kann, wenn er sich selbst das Leben nimmt.