MacGyver

In de eerste aflevering van seizoen 3 verzoent Mac, drie maanden nadat hij uit de Phoenix Foundation is gestapt en naar Nigeria is verhuisd, zich met zijn vader en gaat hij terug als hij hoort dat Jack achterna wordt gezeten door een agressieve dictator die hij heeft gedwarsboomd.

Jack ontvangt een noodsignaal van een van zijn oude Delta-vrienden die onterecht wordt beschuldigd van terrorisme in het buitenland. MacGyver en Jack brengen snel de rest van Jacks Delta-team bij elkaar en zetten op eigen initiatief een reddingsoperatie in gang.

MacGyver, Riley, Bozer en Leanna gaan undercover een campus op, om een deep-cover agent op te pakken die studenten werft voor dodelijke aanslagen over de hele wereld. Jack gaat met premiejager Billy Colton (Lance Gross) achter een ontsnapte gevangene aan, maar is niet blij als Billy Riley een baan aanbiedt.

MacGyver en Riley moeten met hulp van Vasil (C. Thomas Howell), een radeloze vader, een tanker vol vloeibare zuurstof door een gebied rijden dat door rebellen is bezet, op weg naar een kinderziekenhuis waar de voorraad op begint te raken. Riley geeft MacGyver raad wat betreft de verzoening met zijn vader.

Als het Oversight niet lukt de leider van een drugskartel op te pakken, moeten MacGyver en Jack snel naar Mexico om hun baas te redden, en moeten ze het binnenland doorracen op de Dag van de Doden. Bozer en Riley maken gebruik van Halloween om informatie te vergaren over een man die van verraad wordt verdacht.

Murdoc ontvoert Nasha (Sibongile Mlambo) de vriendin van MacGyver, omdat hij wil dat Mac hem helpt zijn zoon Cassian (Brady Bond) te redden uit de handen van een ontvoerder. Er duikt een gevaarlijke persoon uit Murdochs verleden op, die Mac een kijkje geeft in het verleden van die misdadiger.

Matty stuurt MacGyver en het team naar Ghana om een hard drive uit een vuilstort vol elektronisch afval te redden, die gerund wordt door een machtige en gewelddadige man. Maar als Matty niet wil vertellen wat er op de hard drive staat, afgezien van het mysterieuze bestand 'Dragonfly', vraagt het team zich af waar ze zoveel waarde aan hecht.

MacGyver en het team wijden zich aan een riskante reddingspoging als een Ierse officier van de inlichtingendienst beweert dat hij weet waar 'The Ghost'zich bevindt, een gevaarlijke bommenbouwer achter wie Mac al jaren aan zit.

Als een reageerbuis met een dodelijk virus uit het Centrum voor Infectieziektebestrijding wordt gestolen, moeten MacGyver en het team er snel achteraan voordat de dief een wereldwijde pandemie ontketent.

Matty biecht iets op wat het team niet had zien aankomen. Ze heeft een man die al acht jaar undercover zit in de criminele organisatie S-Company. Als hij ontmaskerd wordt als CIA-agent, moet ze hem met hulp van MacGyver redden voordat het te laat is.

Mac en Jack willen een weekendje naar Las Vegas, maar ze worden onderweg ontvoerd door iemand uit hun verleden die ze in een betonnen ruimte vastzet. Matty geeft Riley, Bozer en Leanna de opdracht een prinses in Milaan van een diamant te beroven, die terroristische informatie bevat.

Phoenix werkt samen met een vrouw die overdag huismoeder is en 's avonds een meesterdievegge, om een van haar contacten op te kunnen pakken, een onderwereldfiguur die haar heeft ingehuurd om een vuile bom te stelen.

MacGyver gaat met Riley en Bozer op survivaltocht, maar dan komen ze gewelddadige criminelen tegen die in de ruige natuur op zoek zijn naar een kist met geld die ze kwijt zijn. Jack en Matty gaan op reis om Matty's ex-man en zijn gezin in getuigenbescherming te zetten.

Een internationale onderwereldfiguur doet Matty een aanbod dat ze niet kan weigeren. Hij geeft zichzelf aan als hij naar de VS mag voor de bruiloft van zijn dochter. MacGyver en zijn team gaan ernaartoe, om te zorgen dat hij niet op de vlucht slaat, maar ze blijken niet de enigen te zijn die hem opwachten.

Na de onverwachte introductie van de nieuwste aanwinst van Phoenix, Desi (Levy Tran) moeten MacGyver en het team een speurhond van het ATF ( het Bureau voor Alcohol, Tabakswaren en Vuurwapens) begeleiden waarop geaasd wordt, maar er zijn meer mensen geïnteresseerd in de wapenlevering.

Phoenix moet het lichaam van een piloot bergen als diens vliegtuig is gecrasht bij het testen van een experimenteel laser-cartografiesysteem dat MacGyver heeft ontworpen. Riley wil de hacker identificeren die een SWAT-team heeft overgehaald haar en Elwood te arresteren.

MacGyver en het team moeten een gesloten-ruimte-mysterie oplossen als een man verdwijnt die in een afgelegen, streng beveiligde internationale zaadkluis aan het werk was.

Als Nicholas Helman (Michael Des Barres) weer opduikt met een reeks moorden, moet Phoenix de hulp inroepen van de persoon die hem het best kent... zijn protégé Murdoc.

MacGyver en Desi helpen een groep Syrische vluchtelingen waar een groep mensensmokkelaars het op gemunt heeft. In Los Angeles zit Bozer vast in de auto van Oversight, die met een explosief is uitgerust.

Als twee Amerikaanse toeristen verdwijnen tijdens een extreme speurtocht door de gevaarlijkste landen ter wereld, moet het Phoenix-team zich voordoen als een groep backpackers om ze op te sporen en levend thuis te brengen.

Matty's ex-man Ethan (Brendan Hines) heeft hulp nodig als S-Company, een criminele organisatie, zijn vrouw en dochter ontvoert. Matty moet beslissen of ze tot verraad wil overgaan om hem te helpen zijn gezin te redden. Riley gaat met Billy Colton (Lance Gross) en Mama Colton (Sheryl Lee Ralph) naar Parijs waar ze iets verschrikkelijks ontdekt.

In deze laatste aflevering van seizoen 3 neemt MacGyver het op tegen een nieuwe, doortrapte tegenstander wiens sluwe plannetjes Mac voor een onmogelijke keuze zetten: Moet hij een vriend redden, of het leven van honderden onschuldigen? Mac krijgt nieuwe informatie die een kloof drijft tussen hem en zijn vader.