The Disappearance of Nagato Yuki-chan

Con Navidad aproximándose, Yuki Nagato y sus compañeros del Club de Literatura planean celebrar una fiesta de Navidad en la sala del club. Uno de los deseos de Yuki para fiesta es comer pavo, lo que la lleva a una serie de competencias extrañas.

¡Ya es Navidad y es hora de la fiesta para el Club de Literatura! Yuki rememora cómo pudo salvar al club y se siente muy feliz de que sus deseos se hayan cumplido. Ahora, solo queda una sola cosa para que cumpla este día…

El día después de la fiesta de Navidad, Yuki y Kyon encuentran a una chica que se cae frente a un parque. Después de llevarla a un lugar cálido, les cuenta que intentó atrapar a Santa en el parque, lo que le recuerda a Yuki que ya la conocía de antes.

El día antes de San Valentín, el Club de Literatura no tiene actividades. Mientras que Haruhi lleva a Kyon para sus propias actividades, Yuki hace un regalo de San Valentín con la ayuda de Ryoko para darle a Kyon. ¿Pero podrá reunir el coraje para de hecho dárselo?

En San Valentín, Yuki huye de la sala del club cuando ve a Haruhi dándole chocolates a Kyon. Al ver cómo se fue Yuki, Ryoko comienza a preocuparle que Yuki se haya resignado a no darle los chocolates a Kyon.

Haruhi y Koizumi ven a Kyon haciendo tarea y se dan cuenta que estudia lo que aprendieron el año anterior. Cuando Haruhi lo menciona, Kyon siente que ella está tomándose a la Preparatoria Norte a la ligera y hace que Ryoko defienda su honor con un desafío matemático.

Aunque Ryoko se preocupa cada vez más por la relación de Yuki con Kyon tras ver lo sucedido en la sala del club, se da cuenta que todo lo que puede hacer es cuidarla. Mientras, el grupo se va a unas termas para tener su campamento de entrenamiento.

El grupo finalmente llegó a la posada de las termas. Ansían un baño relajante y una cena agradable, pero, como siempre, Haruhi se emociona demasiado…

El campamento de entrenamiento del Club de Literatura de la Preparatoria Norte comenzó. Tras la cena, Yuki, Ryoko, Kyon, Haruhi y Koizumi se reúnen y juegan a las cartas, donde deciden poner prendas a los perdedores. ¿Quién pierde primero y cuál es la prenda?

A Yuki casi la choca un auto y se cayó. Aunque no fue herida de gravedad, Ryoko se preocupado por ella porque estuvo actuando diferente desde el accidente. ¿Qué le pasó a Yuki? ¿Volverá pronto a ser ella misma?

Tal como lo sospechaba Ryoko, Yuki ES diferente a quien solía ser. Mientras que a Ryoko y Kyon les preocupa que Yuki se comporte tan diferentemente que sus compañeros puedan darse cuenta, ella hace las veces de la vieja Yuki muy bien y nadie nota nada.

Kyon y Yuki van a la biblioteca para estudiar para los exámenes finales. Aunque Kyon esperaba obtener la ayuda de Yuki con sus estudios, ella se enfoca tanto en los libros que termina olvidándose por qué fueron allí.

Yuki tiene un sueño recurrente donde mira los recuerdos de su otro ser y empieza a darse cuenta que se acerca la hora de volver a ser su antigua yo.

Luego que Yuki vuelva a ser su antigua yo, las vidas de los miembros del Club de Literatura de la Preparatoria Norte también vuelven a la normalidad, salvo para Kyon, que no sabe cómo lidiar con la antigua Yuki al conocer los sentimientos hacia él de la otra Yuki.

Las vacaciones de verano llegaron. El Club de Literatura de la Preparatoria Norte planea vacacionar en la casa de verano de la familia Tsuruya en la playa. ¿Podrá Yuki pasar tiempo a solas con Kyon? ¿Podrá Kyon superar sus sentimientos extraños hacia Yuki?

El verano ya casi termina. Desde que la otra Yuki desapareció, Kyon ha estado actuando raro con Yuki. Cuando se da cuenta que no solo él se siente raro y que está haciendo sufrir a Yuki, él decide hacer algo al respecto.