Men in Black mengikuti pengembaraan Ejen Kay (Jones) dan Jay (Smith), ahli organisasi rahsia yang ditubuhkan untuk memantau aktiviti makhluk asing di bumi. Dua ejen ini mendapati mereka terperangkap dalam rancangan berbahaya oleh pengganas antara galaksi (Vincent D'Onofrio) yang telah tiba di bumi untuk membunuh dua duta dari galaksi berlawanan.
