NCIS: LA ~極秘潜入捜査班

複数のATF捜査官が殺害された。サムは事件に関与した武器密売人を追ううちに、キルブライドの友人で、民兵組織に銃を提供した疑惑の大物軍人にたどり着き、彼への捜査をめぐってキルブライドに反発する。一方、ケンジーとファティマは密売人の恋人から情報を引き出そうと、リハビリ施設に潜入する。

カレンは自らの過去について、ヘティが真実を隠しているのではないかと疑念を抱く。一方、ジョエルはカティアを捕らえるために再び姿を現す。さらに諜報員や潜入捜査官の命が危険にさらされる事件が次々に発生し、NCISのメンバーが捜査に奮闘することに。また、ケンジーとディークスは新たな家族を迎えるために奔走する。

潜入捜査官の身辺警護任務が完全な失敗に終わった件を受け、NCISのメンバーは事の真相解明を図るために個別の事情聴取を受けることに。そして苦渋の決断を迫られたキルブライドは...。

バスの乗客を人質にした立てこもり事件が発生。犯人の男は、不名誉除隊となったのちに死んだ娘の潔白を証明しなければバスを爆破させるとNCISを脅す。そこでサムが犯人との交渉に当たり、ラウントリーをバスに潜入させる。

海軍情報局のメンバーがLSDを服用後に飛び降り自殺し、NCISは彼の死の真相を探ることに。一方、ディークスはケンジーが家を空けた間に裏庭の改造計画を進める。

国境を越えようとする難民グループの手助けをしていたケンジーが謎の民兵組織に襲われ、拉致された。NCISのメンバーはケンジーの捜索に向かう。

アメリカ大使の娘でSNSの人気インフルエンサー、ジアが行方不明になり、NCISが捜査を行うことに。チームの仲間たちは再びアリーヤ・デレオン捜査官を助っ人に迎え、事件解決のために動き出すが...。

海兵隊に協力していた民間の科学者が殺害され、彼女が開発していた最新鋭のレーダー技術が盗まれた。NCISチームは一刻も早く、失われた技術と犯人を見つけ出さなければならない。

空母で新生児が置き去りにされているのが見つかる。母体が合併症で命を落とす恐れがあり、ケンジーとディークスは、艦内で母親の行方を捜す。

NCISチームは、米国領空に侵入し海軍機と衝突した国籍不明機の調査に乗り出す。一方、ディークスとケンジーは里親の適正調査に向けて準備を始める。

司法省の捜査官ランス・ハミルトンの相棒が殺害される。サムは、かつて潜入捜査で使用していた"スイッチ"という身分に扮し、犯人を捜す。一方、ケンジー、ディークス、ラウントリー、キルブライドは、海軍の機密設計図を盗んだ航空宇宙技術者を捕まえようと奔走する。

高級美術品の保管会社で起きた強盗事件を調査するため、NCISは闇市場でバイヤーになりすまし、盗品の背後にいる人物を突き止める。

警察に停車させられたラウントリーと妹は、明らかに人種差別的で不当な扱いを受ける。一方NCISは、揚陸施設の建設を記録する任務に就いていた海軍のカメラマンの死亡事件について、捜査を行う。

NCISは、元一等軍曹が飼っている軍用犬ブーマーの誘拐事件を捜査する。一方サムは、アルツハイマー病を患う父親の世話をするため、自身のボートを売却しようと画策する。

NCISチームは麻薬取締局の捜査官タリア・デル・カンポと協力し、麻薬カルテルに銃器を販売していた製造業者について証言する予定だった、行方不明の内部告発者を捜索する。

海軍基地への侵入を試みた２人の男が、自作の爆弾に巻き込まれる事件が発生し、NCISが捜査を行う。一方、カレンはアンナとの関係を次の段階に進めたいと考えており、サムは父親のレイモンドと同居を始める。

カレンは、カティアが武器取引を持ち掛けるために仕掛けた、サムを装ったディープフェイクの罠にはまる。NCISチームはカレンの行方を突き止めるべく急行する。

NCISチームは、軍事レベルの武力でロサンゼルスのカジノを襲撃した犯人グループの行方を追う。一方、ケンジーとディークスに養子縁組についての朗報が舞い込み、カレンはアンナとの関係で大きな一歩を踏み出す。