1 an après la fin de la saison 1. La société est toujours régie par le « Psycho Pass », un procédé de numérisation des émotions et des inclinaisons psychologiques humaines. La brigade de Sécurité Publique est chargée d'arrêter les criminels qui enfreignent cette réglementation numérique.
Alors que le groupe de Shimotsuki gère les conséquences de l'incident, appréhendant ceux qui jouent toujours au jeu, Tsunemori essaie de déterminer les motifs de Kamui.
