Op een congres van marktleiders in maatregelen tegen Kaii, wordt het 'Alice Systeem' van Shigemoto afgewezen wegens gebrek aan bewezen resultaten. Hij begint aan een nieuw, maar gevaarlijk project om zich te bewijzen, terwijl hij de machtsdynamiek en verwachtingen van de markt in twijfel trekt. Een zeker individu benadert Koshigaya met een verdacht voorstel, wat haar vader op wankele grond zet.

Kana en Koshigaya bezoeken het RIMT om een nieuw soort Kaii uit te roeien. Begeleid door Vice-Chef Akasaka, ontdekken ze een ontzagwekkend en schijnbaar onoverwinnelijke Kaii. Achter de schermen veroorzaken verborgen motieven rondom de regels van magische kracht spanning wanneer de Kaii onverwachts muteert. De tijd is krap en Magilumiere's vaardigheden worden op de proef gesteld.

Magical Girls van Magilumiere en AST gaan de confrontatie aan met een losgeslagen Kaii-soort. Koshigaya biedt Tsuchiba een olijftak, wat uitloopt op meningsverschillen die leiden tot spanning tussen hun bedrijven. De onbekende Kaii muteert razendsnel onder invloed van magische krachten, waarna een zeker individu de controle overneemt als operator voor het opkomende alles-of-niets gevecht.

De spontane samenwerking tussen Magilumiere en AST loopt uit op een alles-of-niets gevecht tegen de snel muterende Class C Kaii. De afwisselende defensieve en offensieve tactieken van Magilumiere maken een einde aan gebruikelijke methoden, terwijl Kana realtime gevechtsdata verzamelt. Door lichamelijkheid, controle, en goede begeleiding komt het schijnbaar onevenwichtige team met een plan.

Magilumiere neemt ingenieurs aan om het Alice Systeem te promoten. Kana worstelt met het uitdragen van de firma's aantrekkelijkheid tijdens het sollicitatieproces. Een frisse wind waait door het team als onverwachte personen samenkomen. Als het vinden van meer talent moeilijk lijkt na pogingen om hun gevechtspotentieel te versterken, gaat Magilumiere naar Kyoto voor lezingen en interviews.

In Kyoto ontmoet Magilumiere kandidaat Yamimori, die indrukwekkende kwaliteiten heeft, maar worstelt met samenwerken. Over een match met het team rijst twijfel, en hij lijkt gevoelens over zijn jeugdvriend Sakae en zijn persoonlijke waarden te verbergen. Tijdens een festival bij Tonomori Shrine zorgt een ritueel voor de ontsnapping van een Kaii, terwijl een onheilspellende schaduw op de loer ligt.

Tijdens het hoogtepunt van de ceremonie bij Tonomori Shrine doorbreekt een onbekende Kaii een barrière en veroorzaakt chaos in het hele gebied. De barrière blokkeert externe krachten, en scheidt het Magilumiere team. Makino en Akasaka komen binnen de barrière in een strijd terecht, terwijl Nikoyama van buiten naar een opening zoekt. De tijd dringt, en elke beslissing zal de uitkomst beïnvloeden.

Yamimori wint het vertrouwen van zijn bondgenoten en gaat de strijd aan met de losgeslagen Kaii binnen de afgesloten barrière. Makino en Akasaka staan aan de frontlinie tegenover een Kaii die met harmonieuze samenwerking en snel schakelen overmeesterd werd. De nijpende situatie toont vaardigheid en vertrouwen tussen de Magical Girls en hun ingenieurs, en met volle harten gaat het team voorwaarts.

De Kaii bij Tonomori blijkt een sabotagedaad te zijn om versoepeling van de magieregelgeving te promoten en de publieke opinie te manipuleren. Dan blijkt de dader een totaal onverwacht iemand te zijn. Yamimori raakt op zijn gemak bij Magilumiere, en Kana trotseert grote industrienormen en haar eigen rol in het proces, wat een oorlog op grotere schaal ontketend.

Terwijl voorstanders van liberalisering een nieuw plan smeden, tart Magilumiere alle precedenten door een enorme, niet-geclassificeerde en hoogst ongewone Kaii te belagen. Koshigaya, Akasaka en Makino zwoegen op het veld wanneer de kracht van de Kaii uit de hand loopt, terwijl Nikoyama en Yamimori verwoed samenwerken aan de analyse en de steun vanuit hun operator stoelen.

De strijd in Tokyo Bay wordt heviger; de Magical Girls van Magilumiere werken samen om de controle te pakken. Maar Tsuchiba van AST grijpt in en zet de strijd op z'n kop met haar ultra-krachtige nieuwe magische hulpmiddel, 'Vleugels', waarmee ze zelf het doelwit wil verwoesten en de vechtstijl van Magilumiere wil weerleggen. Spanningen laaien op, het is niet alleen een gevecht tegen de Kaii meer.

Tijdens de heftige oorlog besluiten Magilumiere en AST 'samen te werken' wanneer Shigemoto volledige toegang biedt tot het Alice Systeem om de kracht van beide firma's te combineren en te verdelen onder de Magical Girls. Ondertussen raakt Tsuchiba bijna de controle over haar magie kwijt. Omwille van toekomstige generaties, nieuwe relaties en morele waarden gooit iedereen z'n hart in de strijd.