Stargate Atlantis

Etter at alliansen deres med skrømtene slår feil, må teamet finne en måte å stoppe to flokkskip på vei til jorden. Weir beordrer angrep, og Sheppard tvinges til å stole på Michael for å hjelpe ham å redde McKay og Ronon, som holdes som fanger.

Etter å ha vellykket brukt retroviruset til å gjøre et helt flokkskip med Skrømt til mennesker, returnerer teamet til Atlantis med fangene sine i stase. Weir fortsetter å forsvare lederskapet sitt foran en uavhengig vurdering som utføres av IOA.

Teamet kommer over en landsby med en æret leder. Beckett blir snart så tiltrukket av verten sin at han bringer ham til Atlantis. Men McKay oppdager snart at Lucius bruker et slags feromon for å fortrylle de rundt ham.

Når de utforsker en landsby, blir teamet plutselig angrepet og tatt til fange, da Ronon uvitende hadde lokket Skrømtene ditt. Landsbyboerne setter Sheppard og Teyla fri og de mobiliserer en angrepsstyrke. Når de returnerer, er landsbyen ødelagt.

Dr. McKay oppdager en referanse til et forlatt Eldgammel-testanlegg. På anlegget oppdager teamet en enorm metropol som livnærer millioner Eldgamle. Ivrige etter å opprette en allianse, blir Weir sjokkert når lederen deres, Oberoth, avviser tilbudet.

Når hun våkner i et psykiatrisk sykehus utenfor D.C. er Weir sjokkert over å oppdage at hele opplevelsen hennes i Atlantis var i fantasien hennes. Hun finner ut at en bilulykke etterlot henne lidende av misvisende psykose.

Teamet, kalt til en planet av en kommunikasjonskode, blir overfalt av Kolya, som nå har opprettet sin egen faksjon av Genii etter å ha blitt tvunget ut av den indre sirkelen. Mens resten av teamet klarer å flykte, blir Sheppard tatt til fange.

McKay kalles til Jorden for å overbevise søsteren sin, Jeannie Miller, om å hjelpe Flyvåpenet. McKay og Jeannie reiser til Atlantisk og begynner eksperimentet, som først er først vellykket, inntil en McKay fra et parallelt univers dukker opp.

Major Leonards team sjekker ikke inn med Atlantis mens de er på et oppdrag. Ved å følge energiavlesningene i håp om å finne major Leonard og mennene hans, fører McKay teamet inn i en hule for å oppdage at energitoppen er en Skrømt-generator.

De nå våkne Eldgamle møter O’Neill og Woolsey, og takker dem for å ta vare på byen, men ber dem også om å dra fra Atlantis. Mens Ronon og Teyla blir i Pegasus-galaksen, sliter resten med å gjenoppta livene sine på jorden.

O’Neill og Woolsey, de eneste overlevende fra Replikatorenes blodige kupp, gjemmer seg i en forlatt bydel. Da de vet at Landry har en ordre om å bombe Atlantis hvis det skulle oppstå en fotfestesituasjon, ligger de to lavt og venter på skjebnen sin.

Teyla begynner å få syn av Eldgamle som plages og tror de er spøkelsene til de Eldgamle som nylig ble massakrert av replikatorene. McKay tror at han har funnet hvalen som reddet ham et år tidligere, da han var fanget i et nedsunket dvergskip.

Teamet hører om en stor kriger som har nedkjempet både Geniiene og skrømtene, og leter ham opp i håp om en ny alliert. Men når de finner ut at den store krigeren er ingen andre enn Lucius, tror de at han er i gang med de gamle triksene sine igjen.

Når han prøver å spare strøm ved å slå av alle de ikke-viktige systemene de Eldgamle nylig aktiverte for de ble drept av replikatorene, treffes McKay ved en feil av en energistråle fra et mystisk apparat.

Lorne oppdager en planet med dusinvis av satellitter i orbit. Innbyggerne på planeten er imidlertid ikke mer utviklet enn renessanseperioden, og har flagg med McKays ansikt. Teamet innser at et spill de hadde funnet kan være mer enn et spill.

Når han undersøker en forlatt romstasjon, bringer McKay ved et uhell en av forskerne ut av stase. Forskeren forklarer til teamet at basen var det siste forsøket fra folket hans for å unngå den gjentatte utvelgelsen de led under fra skrømtene.

Når hele byen blir beordret til å ta en fridag, gjør teamet sitt beste for å slappe av og nyte fritiden sin. Uten advarsel raser en mystisk eksplosjon gjennom byen og dreper og skader intetanende borgere.

Teamet leter i havet etter en mobil geotermisk borestasjon de Eldgamle etterlot i dvale. Når de utforsker stasjonen, tror Teyla at hun føler tilstedeværelsen til et Skrømt. Weir, som tror det er trykk som påvirker Teyla, får teamet til å fortsette.

Etter å ha hjulpet med omplassering av taranene, innser Atlantis-teamet at de ikke har hørt fra landsbyen på lang tid. Det ser ut som at taranene bare har forlatt landsbyen sin, inntil McKay oppdager livstegn langt under overflaten.

Teamet er sjokkert når en satellitt med en Stargate går i orbit utenfor Atlantis. Når Stargaten begynner å sende en energistråle som angriper byen, tar McKay lærdom fra de Eldgamle og velger å senke Atlantis tilbake i havet.