在动乱的幕末时期，维新志士绯村剑心曾是令人闻风丧胆的“刽子手拔刀斋”。而如今他手握逆刃刀，立下了不再杀人的誓言，在新时代过上了浪客的生活。明治11年5月14日，身为“维新三杰”之一的大久保利通被暗杀。这场或许能改变时代的暗杀的背后主谋是计划颠覆明治政府的志志雄真实。剑心与神谷薰告别后，出发前往京都，要亲自去阻止他“刽子手拔刀斋”称号的后继者志志雄真实。剑心把他的朋友们留在了身后，有了新的邂逅，并与志志雄一派展开了战斗。被困在命运与不杀誓言之间，浪客剑心第二季的大幕即将再次拉开。一个充满回忆与情感的故事即将上演！
