ระหว่างการบุกเข้าตรวจค้นการประชุมระหว่างเจ้าหน้าที่รัฐกับผู้แทนต่างชาติที่ต้องสงสัยว่าพัวพันกับการทุจริตและอาชญากรรม อารามากิ ไดสุเกะแห่งหน่วยความมั่นคงสาธารณะได้พบกับไซบอร์กลึกลับนามคุซานางิ โมโตโกะ ผู้เสนอให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยจัดตั้งหน่วยจู่โจมพิเศษขึ้นใหม่ ขณะที่อารามากิมอบหมายให้คุซานางิสืบสวนคดีหนึ่ง ซึ่งจะกลายเป็นก้าวแรกของแผนการครั้งสำคัญนี้

หลังจากคุซานางิ โมโตโกะและทีมของเธอได้รับการทาบทามจากอารามากิ ไดสุเกะให้เริ่มปฏิบัติการในนาม "หน่วยจู่โจมพิเศษ" ก็เกิดเหตุการณ์ที่สมองไฟฟ้าของล่ามประจำรมต.กระทรวงต่างประเทศถูกไวรัสโจมตี ขณะเดียวกัน อารามากิคาดการณ์ว่า พันเอกมัลเลสซึ่งลี้ภัยอยู่ในต่างประเทศ กำลังพยายามแทรกแซงการประชุมลับ เขาจึงสั่งให้คุซานางิแกะรอยต้นตอของการแฮ็กและตามหาผู้อยู่เบื้องหลังเหตุการณ์ดังกล่าว

หลังการไล่ล่าอย่างดุเดือดด้วยฟุชิโคมะ คุซานางิและโทกุสะสามารถจับกุมผู้ต้องสงสัยได้สำเร็จ ขณะเดียวกัน อารามากิและบาโตเฝ้าติดตามพันเอกมัลเลส ก่อนที่บุคคลซึ่งเชื่อว่าเป็นนักเชิดหุ่น แฮ็กเกอร์ผู้อยู่เบื้องหลังการปล่อยไวรัสตามคำสั่งของเขาจะปรากฏตัว

เกิดเหตุหุ่นยนต์ตัวอย่างเพื่อการส่งเสริมการขายก่อเหตุทำร้ายผู้คนต่อเนื่อง ทีมของคุซานางิจึงรวบรวมหุ่นยนต์รุ่นเดียวกันเพื่อตรวจสอบ และพบว่าพวกมันมีลักษณะบางอย่างร่วมกัน ขณะเดียวกัน บาโตและโทกุสะเดินทางไปยังแฮงก้าพรีซิชันอินสทรูเมนต์ บริษัทผู้ผลิตเพื่อสืบหาสาเหตุที่อยู่เบื้องหลังเหตุโจมตีดังกล่าว

คุซานางิและทีมเดินทางสู่ตอนเหนือสุดเพื่อติดตามความเคลื่อนไหวของคอยล์ คราสนอฟ ไซบอร์กต่อสู้ปริศนา ระหว่างสืบหาจุดประสงค์ของเขา พวกเขายังพบเบาะแสการทุจริตที่เกี่ยวข้องกับการขยายโรงงานใต้ดินของซากาวะอิเล็กทรอนิกส์ คุซานางิจึงแฝงตัวเข้าไปในสำนักงานใหญ่ของบริษัท ขณะที่บาโตและสมาชิกที่เหลือมุ่งหน้าไปยังโรงงานใต้ดินเพื่อสืบหาความจริง

หลังถูกโจมตีโดยไม่ทันตั้งตัว คุซานางิและแฟนหนุ่มถูกนำตัวส่งโรงพยาบาล ทั้งสองสงสัยว่าโซมะ โทรุ ผู้ก่อการร้ายที่มีอดีตร่วมกับคุซานางิอยู่เบื้องหลัง เมื่อคุซานางิและโทกุสะออกจากโรงพยาบาล พวกเขาล่อผู้ไล่ล่าจนไปถึงโรงงานร้าง และต้องเผชิญหน้ากับการต่อสู้อันดุเดือดกับกองกำลังติดอาวุธ

หุ่นยนต์ตัวหนึ่งหลบหนีจากบริษัทเมก้าเทคบอดี้ และถูกหน่วยที่ 9 ควบคุมตัวไว้ ก่อนจะพบว่านักเชิดหุ่นสถิตอยู่ภายในร่าง มันประกาศว่าตนคือ "สิ่งมีชีวิตที่ถือกำเนิดขึ้นในห้วงสมุทรแห่งข้อมูล" และยื่นขอลี้ภัยทางการเมือง แต่ไม่นานก็ถูกกลุ่มปริศนาชิงตัวไป

คุซานางิฟื้นคืนสติหลังจากเบรนไดฟ์เข้าไปในสมองไฟฟ้าของนักเชิดหุ่น แม้จะล่วงรู้ความจริงของเหตุการณ์ทั้งหมดแล้ว แต่เธอยังคงสัมผัสได้ถึงการมีอยู่ของนักเชิดหุ่นเป็นระยะ ต่อมาหน่วยจู่โจมพิเศษได้บุกจู่โจมเรือที่ถูกใช้เป็นฐานปฏิบัติการของกลุ่มผู้ก่อการร้าย ทว่าระหว่างภารกิจ คุซานางิกลับยิงสังหารหัวหน้ากลุ่มโดยไม่ตั้งใจ

ภาพเหตุการณ์ถูกบุคคลปริศนานำไปเผยแพร่ต่อสื่อ ทำให้คุซานางิถูกกล่าวหาว่ายิงสังหารผู้ก่อการร้ายอย่างเลือดเย็น เธอสงสัยว่าหน่วยข่าวกรองของโกรันทัลอยู่เบื้องหลังการชักใยจึงเริ่มสืบสวนด้วยตัวเอง แต่กลับต้องตกเป็นจำเลยในชั้นศาล

คุซานางิสูญเสียร่างเทียมเมื่อมันถูกยิงจนพัง เธอหลบหนีไปกับบาโตในสภาพเพียงสมองไฟฟ้าไร้ร่าง ทั้งสองไปยังที่หลบภัยของบาโตเพื่อจัดหาร่างใหม่ แต่ระหว่างอยู่ในโหมดล็อคดาวน์ เธอกลับถูกนักเชิดหุ่นที่เชื่อว่าถูกทำลายไปแล้วเข้ามาเชื่อมต่ออีกครั้ง