ในการประชุมของเหล่าผู้นำด้านมาตรการรับมือไคอิ "อลิสซิสเต็ม" ของชิเกะโมโตะถูกปฏิเสธเนื่องจากไม่มีผลลัพธ์ที่พิสูจน์ได้ เขาจึงรับโปรเจกต์ใหม่ที่แม้จะเป็นงานใหญ่แต่ก็อันตรายเพื่อพิสูจน์ความสามารถของตนเอง รวมถึงตั้งคำถามถึงความต่างของอำนาจและความคาดหวังในวงการนี้ อีกด้าน คนคนหนึ่งได้เข้าหาโคชิกายะพร้อมข้อเสนอไม่ชอบมาพากล ทำให้พ่อของเธอต้องตกที่นั่งลำบาก

คานะและโคชิกายะไปที่สถาบันวิจัยเทคโนโลยีเวทมนตร์เพื่อตรวจสอบและกำจัดไคอิสายพันธุ์ใหม่ รองหัวหน้าอากาซากะได้พาพวกเขาไปเจอกับไคอิที่น่าพิศวงและดูเหมือนจะเอาชนะไม่ได้ซึ่งฉีกทุกกฎเกณฑ์ธรรมชาติ เบื้องหลังฉากนี้ เจตนาซ่อนเร้นเกี่ยวกับระเบียบเวทมนตร์ได้ก่อให้เกิดความตึงเครียดพร้อมกับที่ไคอิกลายพันธุ์อย่างไม่คาดคิด แมจิลูเมียร์จึงถูกทดสอบฝีมือภายใต้เวลาจำกัด

สาวน้อยเวทมนตร์ของทั้งบริษัทแมจิลูเมียร์และบริษัทอาสต์ร่วมกันรับมือไคอิสายพันธุ์ใหม่ที่คลุ้มคลั่งอาละวาด โคชิกายะยื่นข้อเสนอสงบศึกกับซึจิบะ แต่ความคิดเห็นที่ไม่ตรงกันกลับทำให้ความตึงเครียดระหว่างบริษัททั้งสองทวีความรุนแรงขึ้น ไคอิปริศนากลายพันธุ์อย่างรวดเร็วเมื่อถูกเวทมนตร์กระตุ้น กระทั่งคนคนหนึ่งได้เข้าควบคุมและกลายเป็นผู้สั่งการในศึกชี้ชะตาที่รออยู่ตรงหน้า

บริษัทแมจิลูเมียร์และบริษัทอาสต์ร่วมมือกันเป็นการเฉพาะกิจเพื่อสู้ยิบตากับไคอิคลาสซีที่กลายพันธุ์อย่างรวดเร็ว วิธีต่อสู้ที่สลับไปมาระหว่างโจมตีและป้องกันของบริษัทแมจิลูเมียร์นั้นนับว่าฉีกวิถีเดิมๆ อย่างมาก โดยมีคานะคอยเก็บข้อมูลระหว่างการต่อสู้แบบเรียลไทม์เพื่อคุมสถานการณ์ ด้วยพละกำลัง การควบคุมที่แม่นยำ และคำชี้แนะชั้นครู ทีมที่ดูขาดๆ เกินๆ นี้จึงวางแผนโต้กลับได้สำเร็จ

แมจิลูเมียร์เปิดรับสมัครวิศวกรเพื่อเตรียมโปรโมตอลิสซิสเต็ม คานะพยายามนำเสนอจุดเด่นของบริษัทอย่างเต็มที่ขณะทำการสัมภาษณ์ ซึ่งทำให้มีบุคลากรที่ไม่คาดคิดมารวมตัวกัน ส่งผลให้บรรยากาศในทีมสดชื่นตามไปด้วย แต่เมื่อทำการเสริมกำลังรบอย่างเอาจริงเอาจังแล้ว การสรรหาบุคลากรเก่งๆ มาเพิ่มเติมก็กลายเป็นเรื่องยาก บริษัทแมจิลูเมียร์จึงเดินทางไปยังเกียวโตเพื่อร่วมการบรรยายและการสัมภาษณ์

ที่เกียวโต ทีมงานแมจิลูเมียร์ได้พบกับยามิโมริ ผู้สมัครตำแหน่งวิศวกรที่มีความสามารถโดดเด่นแต่มีปัญหาเรื่องการทำงานร่วมกับผู้อื่น ขณะที่ความเข้ากันได้กับทีมยังน่ากังขา เขาก็ดูเหมือนจะซ่อนความรู้สึกบางอย่างที่มีต่อเพื่อนสมัยเด็กของตนอย่างซาคาเอะ รวมถึงค่านิยมส่วนตัวเอาไว้ ด้านงานเทศกาลที่ศาลเจ้าโทโนโมริ พิธีกรรมหนึ่งได้ปลดปล่อยไคอิออกมา โดยเบื้องหลังฉากนั้น มีเงามืดอันน่าสะพรึงกลัวกำลังซุ่มซ่อนอยู่

ในช่วงสำคัญของพิธีกรรมที่ศาลเจ้าโทโนโมริ ไคอิปริศนาได้บุกเข้ามาในเขตแดนที่เคยปลอดภัย ทำให้ทั่วทั้งบริเวณตกอยู่ในความโกลาหล เขตแดนนั้นปิดกั้นพลังจากภายนอก ทีมแมจิลูเมียร์จึงถูกแยกจากกัน มาคิโนะและอากาซากะถูกบีบให้ต้องต่อสู้อย่างยากลำบากอยู่ในเขตแดน ส่วนนิโคยามะก็พยายามหาทางฝ่าเข้าไป เวลาเหลือน้อยลงทุกที ทุกการตัดสินใจย่อมส่งผลต่อผลลัพธ์อย่างมาก

ยามิโมริได้รับความไว้วางใจจากเพื่อนร่วมทีมแล้ว จึงลงมือจัดการกับไคอิที่กำลังอาลาวาดอยู่ในเขตแดนที่ปิดผนึก มาคิโนะและอากาซากะเองก็กลับไปยังแนวหน้าอีกครั้ง เพื่อเผชิญหน้ากับไคอิที่แข็งแกร่งขึ้นด้วยทีมเวิร์กที่ลงตัวและไหวพริบ สถานการณ์คับขันนี้แสดงให้เห็นถึงทักษะและความไว้วางใจระหว่างสาวน้อยเวทมนตร์และเหล่าวิศวกร และทีมก็เดินหน้าต่อไปด้วยหัวใจที่เต็มเปี่ยม

แท้จริงแล้ว เหตุการณ์ไคอิที่โทโนโมริเป็นฝีมือของใครบางคนที่ต้องการผ่อนปรนระเบียบด้านเวทมนตร์และบงการกระแสสังคม และแล้วคนร้ายก็ปรากฏตัว เป็นคนที่ไม่คาดคิดอย่างที่สุด ขณะที่ยามามิโมริเริ่มคุ้นเคยกับแมจิลูเมียร์ คานะได้ตัดสินใจที่จะเผชิญหน้ากับบรรทัดฐานสำคัญของอุตสาหกรรมและบทบาทของเธอเอง ซึ่งจุดประกายให้เกิดความขัดแย้งในวงกว้างขึ้น

ขณะที่ฝ่ายหนุนการยกเลิกระเบียบวางแผนขั้นต่อไป แมจิลูเมียร์ก็ฉีกทุกแบบแผนเดิมๆ ด้วยการซุ่มโจมตีไคอินาดมหึมาที่ผิดปกติและไม่สามารถจัดประเภทได้ ก่อนที่มันจะปรากฏตัว โคชิกายะ อากาซากะ และมาคิโนะต่างต่อสู้สะบักสะบอมกับไคอิที่พลังเพิ่มสูงขึ้นเกินความคาดหมาย นิโคยามะและยามิโมริเร่งให้การสนับสนุนกันเป็นพัลวันจากเก้าอี้ปฏิบัติงาน

การต่อสู้ที่อ่าวโตเกียวทวีความรุนแรงยิ่งขึ้น สาวน้อยเวทมนตร์ของแมจิลูเมียร์จึงร่วมมือกันควบคุมสถานการณ์ แต่ซึจิบะจากบริษัทอาสต์ได้เข้ามาแทรกแซงและพลิกสถานการณ์ด้วยอุปกรณ์เวทนมตร์สุดแกร่ง "วิงส์" โดยเจตนาคือกำจัดเป้าหมายด้วยตัวคนเดียว ซึ่งขัดกับกลยุทธ์ร่วมมือกันของแมจิลูเมียร์ ความตึงเครียดจึงได้ปะทุขึ้น และนี่ก็ไม่ใช่แค่การต่อสู้กับไคอิอีกต่อไป

ท่ามกลางศึกที่ดุเดือด แมจิลูเมียร์และอาสต์ตัดสินใจ "ร่วมมือ" กันในที่สุด โดยชิเกะโมโตะมอบสิทธิ์การเข้าถึงเทคโนโลยีของอลิสซิสเต็มให้อาสต์อย่างเต็มที่ เพื่อรวมพลังของทั้งสองบริษัทไว้ใช้ร่วมกันในหมู่สาวน้อยเวทมนตร์ ตอนนั้นเอง ซึจิบะก็เกือบสูญเสียความควบคุมเวทมนตร์ของตนแล้ว เพื่ออนาคตของคนรุ่นหลัง สายสัมพันธ์ใหม่และคุณธรรมต่างช่วยผลักดันให้ทุกคนในสนามรบต่อสู้ด้วยหัวใจ