Anno 0079 dell'Era Universale. Amuro Rey, un giovane di Side 7, si ritrova suo malgrado, a difendere la colonia dall'incursione di due giganteschi robot, alla guida della nuova arma della Federazione: il Gundam, un potentissimo robot, con il quale sbaraglia gli avversari, pur non sapendo manovrarlo correttamente.

L'attacco a Side 7 è iniziato e tra i feriti gravi vi è anche il comandante Paolo della Base Bianca. Char, che ha ricevuto dal suo sottoposto Slender un rapporto su Gundam, decide di recarsi di persona a controllare.

La Base Bianca ha preso il volo verso Luna 2 ma Char la segue a bordo del suo Musai, però senza poterla attaccare, perché a corto di munizioni. Avvistata la nave rifornimento Papua che s'avvia a trasferire il suo carico d'armi sul Musai, Bright si trova di fronte a una difficile scelta: cercare di fuggire su Luna 2 o abbattere il Papua prima che possa caricare le armi sul Musai?

Finalmente arrivati su Luna 2, i nostri amici trovano una brutta sorpresa: il comandante della base, Wackein, si rifiuta di accogliere i civili e anzi mette in isolamento Bright e gli altri della Base Bianca con l'accusa di aver permesso a un civile come Amuro di utilizzare un'arma segreta qual è il Gundam.

Mentre la Base Bianca si avvia finalmente a entrare nell'atmosfera terrestre, Char sferra un nuovo attacco! Amuro esce per affrontarlo ma deve tornare alla Base Bianca entro quattro minuti, altrimenti il Gundam fonderà per l'attrito con l'atmosfera!

Il Komusai di Char prende terra all'interno della corazzata Gaw, l'ammiraglia di Garma, figlio di Degwin Zabi ed ex-compagno d'accademia militare di Char. Garma manda all'attacco della Base Bianca una formazione di Dop e quando Amuro e Hayato escono col Guntank per contrapporsi agli avversari, invia anche dei Magella Attack.

Per la Base Bianca le milizie di Zeon non sono l'unico problema: il migliaio di civili di Side 7 che la nave ospita vuole scendere a terra e prende in ostaggio Fraw e Kikka per cercare di convincere Bright.

Zeon si prepara a sferrare l'attacco alla Base Bianca nei cieli sopra il lago Mid. Bright chiede a Garma di accettare una tregua mentre i civili vengono condotti a terra e l'ufficiale di Zeon, più con l'intenzione di prender tempo per completare il carico di armi terra-terra che non per pietà verso i profughi di Side 7, dà il suo consenso.

Ormai armi e vettovaglie cominciano a mancare sulla Base Bianca, e l'insoddisfazione tra civili ed equipaggio si fa ogni giorno più forte: lo stesso Amuro ha ormai perso ogni voglia di combattere, ma quando Bright lo sprona con forza a contrapporsi di nuovo a Char, ritrova nuova energia e sale sul Gundam per aiutare Ryu e Hayato.

Al quartier generale nordamericano di Zeon si sta tenendo un ricevimento a cui partecipano anche Char e Garma. Quest'ultimo ben presto si apparta con la sua amata Icelina e i due si scambiano promesse d'amore: se il padre della ragazza non acconsentirà al loro matrimonio, Garma si dichiarerà pronto a spogliarsi della divisa di Zeon!

Decisa a vendicare l'amato Garma, Icelina progetta con l'aiuto dell'ufficiale Darota di attaccare la Base Bianca con tre Gaw.

Dopo la defenestrazione di Char, il maggiore Ramba Ral è diventato il nuovo responsabile delle operazioni di Zeon sulla Terra. Durante la sua prima operazione, svolta a bordo della nuova corazzata Zanzibar, si imbatte nella Base Bianca.

La Base Bianca è arrivata in Giappone e Amuro e compagni hanno finalmente l'occasione per rincontrare i loro cari. Amuro scopre che sua madre lavora in un campo di sfollati controllato da Zeon, cosicché è costretto a nascondersi sotto le coperte di un letto dell'infermeria.

I responsabili di una base avanzata di Zeon, comandati da Kuwaran, cercano di abbattere il Gundam indipendentemente da Ramba Ral: lo aggrediscono con dei wappa, piccoli mezzi monoposto, dai quali attaccano delle bombe a tempo sulla corazza del Gundam.

La Base Bianca vola sul deserto del Gobi alla ricerca del lago salato di Kan, per fare rifornimento di sale.

Amuro studia i dati dello Zaku catturato per simulare degli scontri col Gundam. Intanto il soldato di Zeon catturato sul deserto del Gobi riesce a fuggire dalla cella e a comunicare con Ramba Ral.

Fraw sta percorrendo il deserto alla ricerca di Amuro. Quando lo trova, questi le comunica la sua intenzione di non voler tornare per nulla al mondo a bordo della Base Bianca.

Amuro arriva in una taverna per sfamarsi, e qui trova le truppe di Ramba Ral assieme all'affascinante Hamon Ral. All'improvviso irrompono nel locale dei soldati di Zeon che conducono Fraw, catturata mentre vagava nel deserto alla ricerca di Amuro.

Problemi sia alla Base Bianca che nelle file di Zeon: il caso della fuga di Amuro sta creando scompiglio tra i piloti da una parte e Bright dall'altra. Nel contempo, M'Quve, intenzionato a liberarsi di Ramba Ral, rifiuta di garantirgli i rifornimenti richiesti.

M'Quve invia solo scarsissimi rifornimenti a Hamon Ral, che però decide di continuare a combattere in nome del marito morto. Intanto Amuro è stato rinchiuso di nuovo nella cella di sicurezza e Ryu cerca di consolarlo, ma mentre gli parla crolla al suolo.

Sia M'Quve che la Base Bianca stanno passando un momento di gravissimo pericolo: dopo aver visto distruggere molte delle sue basi segrete, l'ufficiale di Zeon decide di andare al contrattacco con tutti i mezzi e la Base Bianca, da parte sua, soffre della mancanza di Bright, febbricitante per il troppo stress accumulato.

La Base Bianca è riuscita a rifugiarsi sul fondo di una vallata, dove procedono febbrilmente i lavori di riparazione. Revil ordina a Matilda di portare alla nave i rifornimenti necessari ma, tradita da una spia, viene assalita in volo dalle truppe di M'Quve.

Kycilia Zabi invia in aiuto a M'Quve il terribile terzetto della Black Trinary, composto da tre velocissimi Dom forniti di hovercraft e pilotati da Gaia, Mash e Ortega.

È iniziata l'operazione Odessa guidata da Revil, che consiste nella distruzione di tutte le basi euroasiatiche di M'Quve. Intanto Amuro, mentre aiuta Sayla nelle esercitazioni al G-Armour, vede un mezzo federale uscire da una base di Zeon e, supposto si tratti di una spia, lo segue sino alla nave federale Big Tray.

L'esercito di Zeon sta ormai lasciando l'Europa e la Base Bianca si rifugia a Belfast per le riparazioni. Ma una giovane spia, Miharu Ratokie, avverte il sommergibile Mad Angler dell'avvicinamento della corazzata federale.