Het laatste hoofdstuk van BONES gaat verder waar de cliffhanger van vorig seizoen eindigde: Brennan is door haar oude assistent Zack Addy ontvoerd en Booth en de rest van het lab zoeken haar met man en macht. Brennans redding, echter, is slechts het begin van hun problemen.

Na de vondst van het lichaam van een man die robots met kunstmatige intelligentie ontwikkelde, moet het team uitzoeken of de robot van het slachtoffer zelf was geprogrammeerd om hem te vermoorden. Ondertussen plant Bones een verrassing voor iedereen voor haar 40e verjaardag.

Als het lichaam van een oude man bij een zuurdump wordt aangetroffen, raakt het team in bejaardentehuisdrama verwikkeld. Tijdens het onderzoek beginnen de gespreksonderwerpen trouwen en kinderen de overhand te krijgen in het lab.

Het team onderzoekt de moord op iemand uit het verleden van Booth en Brennan. Ondertussen krijgt Aubrey met een eigen gewetenskwestie te maken als hij ontdekt dat z'n vader weer in beeld is.

Als een bijlesdocent van rijke scholieren dood wordt aangetroffen, onderzoekt het team alle mogelijke daders, van ontevreden ouders, tot een huisgenoot met een strafblad. Ondertussen baalt Bones van de stem van haar audioboek en probeert ze te bewijzen dat ze het zelf kan opnemen.

Het team onderzoekt een moord tijdens een houthakkerswedstrijd.

Als een reeks lijken met een link met Booths oude legereenheid rond DC opduikt, moet Booth in het verleden duiken om de moordenaar te vinden voordat die Booth vindt. Ondertussen houdt Brennans vader Max een zware medische ingreep geheim, waardoor zij worstelt met het vertrouwen van haar vader en zijn sterfelijkheid. Bovendien loopt haar gezin gevaar.

Een recent overlijden drijft een wig tussen Booth en Brennan als ze allebei op hun eigen manier rouwen. Ondertussen komt een oude vlam van Brennan op bezoek.

Als een jongeman omkomt bij een gruwelijk ongeval met een hooimachine, verkleden Booth, Brennan en Aubrey zich om undercover te gaan bij een slooprace om de zaak te onderzoeken. Ondertussen keert dr. Gordon Wyatt terug en helpt hij Hodgins en Cam als de lopende Gormogon-zaak vastloopt.

Als het brandende, gehavende lichaam van een aankomend schrijver/regisseur op een auto landt, onderzoekt het team een reeks aparte locaties en personages die met zijn film te maken hebben. Ondertussen vraagt Bones dr. Mayer om advies met betrekking tot passie op de werkvloer, en laat Booth Aubrey de zaak leiden.

In de voorlaatste aflevering beginnen de verhalen van de hoofdpersonages zich te ontvouwen. Brennan getuigt voor Zach, Angela heeft groot nieuws, en Aubrey en Jessica beslissen over hun toekomst samen. Tegelijkertijd ontdekt het team dat Kovac is ontsnapt, waardoor Booth een race tegen de klok moet aangaan om zichzelf en zijn dierbaren te beschermen tegen Kovacs gevaarlijkste plan.

Kovac is nog steeds voortvluchtig en het team zoekt aanwijzingen om hem te kunnen opsporen. Na een tegenslag voor Brennan moet de rest van het team Kovac zonder haar zien te vinden en alles wat ze van haar hebben geleerd inzetten. Als alles erop wijst dat iemand Kovac helpt en hij een schuilplaats heeft, gaan Booth en Brennan hem zoeken.