ゴッサムを揺るがす連続爆破事件。バットマンは敵対する犯罪組織のボス、ルパート・ソーンとペンギンの縄張り争いの渦中に身を置くことになる。一方、ゴードン本部長と娘のバーバラは、ゴッサムの腐敗した刑事司法制度を内部から立て直す方法を模索する。

華やかな映画スターが姿を消し、バットマンとモントーヤ刑事は撮影スタジオに出没する謎の復讐者の思惑に巻き込まれる。

大富豪の父親が刑務所に入り、お金に困ったセリーナ・カイルは、スリルを求めて大胆なキャットウーマンとして犯罪に手を染めるが、これまで有罪にはならずに済んできた。バットマンは彼女の犯罪を終わらせる計画を練る。一方、2人の悪徳刑事は彼女が9つの命を一挙に使い果たすのを見届けようとする。

ジェソップ市長がバットマンを捕まえるための特別対策班を結成し、モントーヤ刑事がその責任者となる。彼女に任せておけないと考えたフラス刑事とブロック刑事は、バットマンを罠にかけるため、ゴッサムを火の海にしようとする。

ゴッサムの富豪たちが何者かに誘拐され、洗脳されている。誰が何の目的でそのようなことをしているか、バットマンは突き止めねばならない。バーバラ・ゴードンは友人の一人が誘拐に関与しているのではないかと疑い始め、その捜査の課程でダークナイトと出会う。

ゴッサムで連続強盗事件が発生し、バットマンは犯人が墓から蘇った者ではないかと考え、調べを進める。一方ハービー・デントは、極悪非道な筋から選挙資金の寄付の申し出を受け、そのモラルが試される。

ゴードン本部長暗殺未遂事件の余波を受け、モントーヤはゴードンを守るために全力を尽くすことを誓う。バットマンは暗殺の黒幕を探るが、予想外の展開の末、１つの答えにたどり着く。それは「誰も信用するな」ということだった。

ハービー・デントの選挙イベントで子供たちが行方不明になる事件が発生し、バットマンはそのイベントを主催する地元の移動遊園地の裏側を探った結果、はるかに邪悪な真相が浮かび上がる。

ハービー・デントの事件後、バットマンとブルース・ウェインは、間違った裁きを追求する検事長を止めようとする。

シーズン最終話では、バーバラ・ゴードンとバットマンが、ハービー・デントを無事に出廷させようとしたことで、ゴッサムのヒーローと悪党の全面戦争に発展する。