Gotham bir dizi patlamayla sarsılır. Batman kendini iki rakip suç patronu Rupert Thorne ve Penguen'in arasındaki güç savaşının ortasında bulur. Bu sırada Komiser Gordon ve kızı Barbara, Gotham'ın yozlaşmış adalet sistemini içeriden düzeltmenin yolları arar.

Büyük bir film yıldızı kayıplara karıştığında Batman ve Dedektif Montoya kendilerini stüdyolarda kol gezen ve intikam peşindeki gizemli birinin karanlık ağında sıkışmış hâlde bulur.

Multimilyoner babası hapse girip onu maddi sıkıntıya soktuktan sonra heyecan meraklısı Selina Kyle, her fırsatta kanundan kaçar ve cüretkâr Kedi Kadın olarak suç hayatına atılır. Emirlere uymayan iki dedektif onun dokuz canını tek seferde kullanmasını sağlamak isterken, Batman ise Kedi Kadın'ın suçlarına son vermek için bir plan yapar.

Başkan Jessop, Batman'i yakalamak için bir görev gücü topladığında, ekibin başına Dedektif Montoya geçer. Dedektif Flass ve Dedektif Bullock, sorunu kendileri çözmeye çalışıp Batman'i tuzağa düşürmeye karar verirler ama Gotham'ı ateşe atarlar.

Gotham'da zengin ve güçlü adamları kaçırıp beyinlerini yıkayan biri vardır, Batman ise bunun kim olduğunu ve nedenini bulmak zorundadır. Barbara Gordon arkadaşlarından birinin kaçırılan kişilerde parmağı olabileceğinden şüphelenmeye başladığında, araştırması onu Kara Şövalye ile karşı karşıya getirir.

Gotham'daki bir dizi soygundan sonra Batman, suçlunun mezardan çıkmış olma ihtimali üzerine düşünür. Bu arada Harvey Dent'in ahlakı, şeytani bir kaynaktan gelen büyük bir kampanya bağışıyla sınanır.

Komiser Gordon'a yönelik başarısız bir suikast girişiminin ardından Montoya, Gordon'ı korumak için elinden gelen her şeyi yapmaya yemin eder. Batman suikastın arkasında kimin olduğunu araştırır ve en sonunda tek bir cevaba ulaşır, o da kimseye güvenmemesi gerektiğidir.

Harvey Dent'in kampanya etkinliğinde çocuklar kaybolmaya başlayınca Batman, etkinliği düzenleyen yerel karnavalın karanlık yüzünü araştırır ve çok daha uğursuz bir şeyi ortaya çıkarır.

Harvey Dent'in kazasından sonra Batman ve Bruce Wayne, başsavcının adalet arayışı uğruna yanlış bir yola sapmasını engellemek için birlikte çalışmak zorunda kalırlar.

Sezon finalinde Barbara Gordon ve Batman, mahkemede ifade verene kadar Harvey Dent'i güvende tutmaya çalışırlar ama Gotham'ın kahramanları ve kötüleri arasında bir savaş patlak verir.