Nagsimula ang Ikalawang Season sa lunas sa Red Virus at ang layuning mailigtas ang sangkatauhan. Bumalik ang Kapitan ng Navy na si Top Chandler at ang kanyang crew sa States na hindi sigurado kung ano ang kanilang makikita. Habang naghahanap ang crew ng mga nakaligtas at pamilya, nakakita sila ng bagong kaaway na gustong kumontrol at pumipigil sa produksyon ng lunas.
