ＦＢＩ：Ｍｏｓｔ Ｗａｎｔｅｄ～指名手配特捜班～

ジェス･ラクロイ率いるＦＢＩの精鋭チーム"逃亡者特捜班"は、組織犯罪、麻薬、ウソの世界にどっぷりつかった医師を追跡する。医師は自分の妻を射殺し、その音声が電話で録音されていたと気づくと逃走した。

あるシングルマザーの息子が軽い犯罪に対して厳しい判決を受け、母親は自らの手で正義を行おうと公選弁護人の事務所を襲撃する。ジェスは娘のタリが母親のいない生活をどう受け止めているか心配する。

銃乱射事件を生き延びたことでトラウマを抱えた青年が過激化し、反政府テロリストとなる。彼が恨みを抱く人々に復讐する前に、逃亡者特捜班は急いで彼を見つけなければならない。

野心的なギャングのリーダーが勢力拡大のためにブロンクス全域での縄張り争いや虐殺行為をもくろみ、バーンズが危険な潜入捜査に乗り出す。

ＰＴＳＳ（心的外傷後ストレス症状）に苦しむ退役軍人が戦友の死をきっかけに暴走。彼の熟練した狙撃の腕は逃亡者特捜班を限界まで追い詰める。この事件を他人事と思えないクロスビーは心に抱える葛藤を隠しきれなくなる。

カルト教団の指導者が自分の家族の殺害を命じ、信頼を寄せる仲間たちと共に逃亡。逃亡者特捜班が彼の行方を追ううちに、自称予言者の詐欺師としての過去が明らかになる。

娘が失踪したのに地元警察に取り合ってもらえなかったアメリカ先住民の男は自分で解決しようと決意するが、捜索が殺人にまでエスカレート。彼の信念がさらなる犠牲者を生む前に逃亡者特捜班は男を見つけなければならない。

支配的な男とそのガールフレンドが複数の州で恐ろしい殺戮を始める。錯綜したカップルの無差別とも思える残虐行為に何かしらのパターンを見つけようと逃亡者特捜班は奔走。ジェスは娘のタリが学校で表彰されたと知り、自分が娘の人生から取り残されているのではと不安になる。

テロリストの逮捕後、ＦＢＩ特別捜査班と逃亡者特捜班の合同チームは、夫のテロ計画を遂行しようと100万ドルを奪って逃亡した妻を追跡する。ジェスはＩＣＥ（移民関税捜査局）に連行された娘のタリを追うが、娘の拘束が単なる偶然ではないことに気づく。クロスオーバー２部作の後編。

元対諜報捜査官が外国政府に機密情報を漏らした後、かつての同僚を襲撃。逃亡者特捜班は彼の国外逃亡を阻止すべく追跡を開始する。

小さな町の警察官が、自分は根深い陰謀の犠牲者だと主張し、自分を破滅に追い込んだ人々に復讐を始める。逃亡者特捜班は彼の主張が正しい可能性に気づく。

人を思いのままに操ろうとする学生が嫉妬のために殺人を犯す。逃亡者特捜班は彼女が国外へ逃亡する前に捕まえようと奔走。ジェスはタリにいじめっ子に立ち向かう方法を教える。

サイバーストーカー事件が複数の殺人事件に発展。自分を不当に扱った人々への復讐のためなら手段を選ばないハッカーを逃亡者特捜班が追跡する。ハナと過去に関係のあった人物が捜査協力を申し出るが、交換条件は受け入れがたいものだった。

父と息子の２人組銀行強盗犯が裁判所に向かう護送車から脱走し、強盗を再開。国外逃亡に十分な資金を盗む前に逃亡者特捜班は彼らを見つけなければならない。ジェスは自分の個人的な経験から父子の関係を分析する。