Una masacre en un monasterio cerca de Londres levanta la sospecha de que alguien está tratando de resucitar a la Reina de la Sangre, una bruja tan poderosa que para derrotarla fue necesario dividir su cuerpo en seis partes, y esconderlas en los confines más lejanos de la Tierra. Para evitar que el planeta sucumba a sus poderes, Helloboy recibe la missión de contener esta terrible amenaza.
