2015年、海軍特殊部隊シールズのベン・エドワーズ（テイラー・キッチュ）と彼が所属するチャーリー小隊はモスルでの任務をジェームズ・リース（クリス・プラット）のアルファ小隊に引き継ぐ。帰国の前に、ベンとリースの小隊は彼らに協力するイラク人通訳の仇を討つためＩＳの幹部を捕らえようとするが、彼には強力な人脈があった。

アル・ジャブーリとつながりを持つ者たちの手で、ベン・エドワーズとレイフ・ヘイスティングスは除隊に追い込まれる。しかしＣＩＡのベテランスパイにスカウトされ、ベンとレイフは新たな任務に就くことになる。

ハバフォードの作戦でダナウィが逮捕、殺害され、新たな手がかりが得られる。ダナウィの金の流れを追うため、ベンとレイフは予期せぬ仲間たちとチームを組むが、やがて予想以上の脅威に直面する。

モルナーのベアリングを運ぶハリド・ネットワークの輸送車を襲撃する作戦が立てられるが、根拠となる情報を巡ってチームに亀裂が入る。ジュネーブでは、ハバフォードのイラン人の情報源が、家族、国、そしてＣＩＡへの協力という難しい状況に奮闘する。

ただ１人追われる身となったベンは裏切り者を追跡する。レイフは真相を突き止めるため、ベアリングを運んでいた一味の１人を捕らえて拷問する。一方、タルはモサドの真の任務を果たすため、単独で動き出す。

チームと合流を果たしたベンの前には、信じがたい答えが待っていた。秘密任務の世界では明快な答えなどないのだ。レイフはチームを離れることを決め、ベンと対立する。ベンは戦争を止めるためにグレーゾーンを受け入れなければならない。

飛行場でのベアリングの受け渡しから３ヵ月後、ベンはドイツのブラックフォレスト（黒い森）に潜んで、これまでの人生を断ち切り、ハバフォードのスパイゲームで失われた人々の復讐を果たそうとする。