Absentia

Emily prøver å takle de siste dagene av sin suspensjon fra FBI, mens hun kjemper med å ta innover seg konsekvensene av sine handlinger fra de to siste sesongene. Emily er årvåken og mistenksom ovenfor alle, hun ser farer overalt og går alle nærmere etter i sømmene.

Etter de dødelige hendelsene, må Emily slåss mot tiden for å finne og redde Nick, med hjelp av sin mystiske informant, Kai. Etter å ha funnet ut hvor han er, innser Emily at det er en mer sammensatt konspirasjon på gang og må se i øyene muligheten for at Nick er blitt drept.

Desorientert og fullstendig neddopet, våkner Nick opp på et mørkt og avsperret sted. I mellomtiden, uten et lik som bevis, nekter Emily å godta at Nick er død, og gjør en avtale for å få ham tilbake, men bare for å finne at Dawkins har lagt en felle og at alle er i fare.

Emilys krav om at FBI skal lete etter Nick, blir møtt med motstand, noe som gjør at hun setter i gang en risikabel plan for å komme ansikt til ansikt med mannen som kan føre henne til Nick. I mellomtiden blir han neddopet og torturert et sted i Europa, og avslører sin dårlige samvittighet og usikkerhet rundt det å være FBI-agent, ektemann og far.

Emily imøtekommer Dawkins krav for å bli ført til Nick, og setter opp en smart felle underveis. I mellomtiden, mens Nicks skyldfølelse og paranoia truer med å ta innersvingen på ham, tar han et endelig oppgjør med demonene som har hjemsøkt ham.

Torturen av Nick fortsetter, men han finner en mulighet til å prøve å flykte fra fangevokterne. Cal og Emily drar av gårde for å redde Nick, og kommer nærmere hverandre underveis. Når de kommer fram til det mystiske stedet, finner de bevis som knyttes til Nicks sak i Boston, men det er ingen tegn til Nick.

Emily gjør et siste forsøk på å bytte de stjålne filene mot Nick, og krever bevis på at han er i live, totalt uvitende om at Nick har rømt fra fangevokterne sine i en forrykende flukt. Nick tar kontakt med FBI, og Emily tar en dristig beslutning om å konfrontere Cal om hans fortid.

Emily og Nick klekker ut en plan for å infiltrere flyktningleiren, og Cal later som han er en Meridian-vakt i håp om å finne Armstrong og få bragt ham for retten. I mellomtiden kommer Crown og Gunnarsen stadig tettere på Meridians muldvarp, og en uventet gjest ankommer gården.

Nick jobber med å slippe fri flyktningene og Cal konfronterer til slutt Armstrong. Når Gunnarsen og Crown skal arrestere visedirektør Webb, gjør de en livsfarlig oppdagelse. I mellomtiden prøver Emily å komme til bunns i Elliots opplegg og tar i bruk ekstreme tiltak for å beskytte familien.

Emily og Nick blir endelig gjenforent med Flynn i Boston, men trusselen fra Elliots biovåpen er fortsatt stor. Emily tar i bruk drastiske tiltak, og gjør et farlig valg for å garantere familiens sikkerhet.