Après le transfert de Holt au département des relations publiques du NYPD, l'arrivée du nouveau capitaine (Bill Hader) provoque le désordre au commissariat, malgré tous les efforts de Terry. Entre-temps, Jake et Amy font face aux conséquences au baiser qu'ils ont échangé « pour de vrai ».

Une fois de plus le personnel du commissariat fait peau neuve, mettant en péril la relation naissante entre Jake et Amy. Entre-temps, Terry aide Holt à gérer une situation épineuse, tandis que Rosa et Gina encouragent Charles à reconsidérer son affection pour un collègue (Archie Panjabi).

Jake pense Genevieve (Rajskub), une galeriste, pourrait bien être l'âme sœur de Boyle et veut les aider à se rapprocher. Entre-temps, Rosa doit s'occuper d'un vol entre commissariats et Holt demande de l'aide à Amy pour une campagne d'image.

Jake demande de l'aide à Holt pour discrètement résoudre une enquête sur un tueur en série. Au commissariat, Rosa et Amy sont obligées de gérer les revendications d'un ancien adversaire, tandis que Terry a une nouvelle obsession.

Le point culminant de la troisième partie du cambriolage d'Halloween de Holt et Jake est un concours à égalité pour gagner le titre de « inspecteur fabuleux - génie ». Cette année, Jake et Holt vont scinder l'équipe en deux pour gagner.

Jake et Charles convainquent Terry de faire une pause camping avant l'arrivée de leur bébé, mais se rendent vite compte que leur week-end ne sera pas aussi idyllique que prévu. Entre-temps, au commissariat, Holt profère des conseils en amour, tandis qu'Amy demande à Gina de l'aider à se préparer à une présentation importante.

Le capitaine accepte que Jake et Amy travaillent ensemble sur un cas impliquant une nouvelle drogue de rue, mais leur nouvelle relation amoureuse ne facilite pas les choses. Entre-temps, au commissariat, Charles panique lorsqu'il se rend compte qu'il a abîmé un bien précieux de Holt, et Terry donne une leçon de discipline à Rosa.

Terry confie à Jake la tâche de divertir sa femme, Sharon, qui est enceinte, pendant que Rosa et lui vont à Rikers pour enquêter sur les meurtres de Douglass Street.

Pour résoudre un cas international, Jake et Rosa doivent travailler avec une paire de flics suédois : l'esprit de compétition devient très vite intense. Entre-temps, Amy et Terry proposent d'aider Gina à se préparer à un examen important, tandis que Holt demande à Charles de remplacer son partenaire de squash habituel lors d'un tournoi.

La veille de Noël, alors qu'ils ne sont pas en service, Jake, Charles et Gina vont gérer une véritable « Journée en enfer ». Terry devra quitter son repas en famille pour venir au secours de son équipe. De son côté, Amy veut prouver qu'elle est aussi solide qu'Holt et Rosa.

Genevieve (Mary Lynn Rajskub) et Charles veulent approfondir leur relation, mais son ex-femme, Eleanor (Kathryn Hahn), gâche leurs projets. Entre-temps, Amy demande à Terry de lui écrire une lettre de recommandation, entraînant des résultats catastrophiques, tandis qu'Holt et Rosa font appel à Gina pour résoudre un cas.

Quand le capitaine Holt et Jake attrapent les oreillons lors d'une enquête, ils se font placer en quarantaine ensemble, dans l'espoir de résoudre l'affaire. Entre-temps, Rosa fait de son mieux pour aider Boyle à traverser son deuil, tandis que Terry doit réparer les dégâts causés par Hitchcock et Scully.

Jake et Amy ont hâte de profiter de leurs premières vraies vacances ensemble, mais la croisière parfaite d'Amy est gâchée quand ils tombent sur un ancien adversaire à bord. Entre-temps, Gina et Terry aident le capitaine Holt à survivre la visite de sa sœur, Debbie (Niecy Nash) et Charles et Rosa se disputent le même appartement.

Le jour de son anniversaire, Jake présente Amy à sa mère (Katey Sagal), mais l'arrivée surprise de son père (Bradley Whitford) sème la pagaille. Entre-temps, Rosa et Charles ont du mal à se faire à un nouveau mandat concernant les caméras-piétons au cours d'une mission avec Terry, tandis que Gina oublie de tenir le commissariat informé à propos du plan de Holt.

Le commissariat du 99e district accueille les inspecteurs du 98e, leur voisin, réunissant Jake et son ancien partenaire (Daman Wayans, Jr.). Charles est d'emblée jaloux et tente de reprendre sa place en tant que meilleur ami de Jake. Le reste du commissariat veut se montrer accueillant, mais les choses ne se passent pas tout à fait comme prévu.

Quand Jake insulte l'éthique de travail d'Hitchcock et Scully au commissariat, ils s'immiscent dans un de ses dossiers pour se prouver. Entre-temps, Amy et Gina aident Rosa à surmonter l'une de ses plus grandes peurs, tandis qu'Holt et Boyle enquêtent sur un cas impliquant des célébrités.

Quand un inspecteur instable (Jason Mantzoukas) revient au commissariat après neuf ans passés en mission d'infiltration, Jake ne sait pas quoi penser. Entre-temps, le comportement incendiaire de Charles l'oppose au gardien du commissariat et Holt demande à Gina de l'aider à réaliser une vidéo « drôle et éducative » avec Rosa.

Holt laisse Amy et Jake s'occuper de sa maison pendant son séjour à Paris chez Kevin, mais tout part en vrille quand son chien Cheddar disparaît. Entre-temps, une passade entre Adrian Pimento (Jason Mantzoukas) et Rosa perturbe Terry et l'ensemble du commissariat.

Pour prouver à son ancien commissariat qu'il est sérieux, Terry demande à Jake de l'aider à résoudre un vieux dossier. Entre-temps, Adrian (Jason Mantzoukas) emménage chez Charles avec des résultats mitigés et Amy s'immisce dans l'entraînement ultra-intensif de Holt et Rosa.

Rosa demande à Jake de l'aider à changer l'opinion de Terry par rapport au couple intense qu'elle forme avec Adrian Pimento (Jason Mantzoukas). Mais leur amour est en attente quand Pimento pense qu'une personne de son passé essaye de le tuer.

En essayant d'obtenir des informations sur une opération criminelle, Amy part en mission d'infiltration dans une prison pour femmes, où elle doit se rapprocher d'une prisonnière (Aida Turturro). Au commissariat, Holt et son équipe organisent de fausses funérailles pour épingler un tueur à gages.

Alors que la vie de Pimento (Jason Mantzoukas) est toujours en danger, le capitaine Holt fait appel à un vieil ami du FBI (Dennis Haysbert) pour l'aider avec un cambriolage apparemment impossible. Entre-temps, Amy a une révélation pendant sa mission d'infiltration et Terry et Gina tombent sur une fuite d'information.