왕수리 지하철경찰대 수사1반 고지석 반장은 경찰대 수석 졸업에 빛나는 엘리트다. 최고의 스펙을 가졌지만, 그의 꿈은 단 하나, 안정적인 경찰공무원 생활을 하는 것. 그런데 어느 날... 지석의 안정적인 경찰공무원 생활을 쫑낼 일생일대의 사건이 터진다. 지난 2년간 수많은 사람이 오가는 지하철역에서 사람을 납치, 살해, 유기했지만 누구의 눈에도 띄지 않은 연쇄 살인마, '지하철 유령' 놈이 지하철경찰대 30주년 행사를 뒤집어놓는다!...

지석의 새로운 수사파트너이자, 왕수리 지하철경찰대의 신참 형사가 된 유령. 유령은 지석 몰래 출입 금지구역인 터널에 들어갔다가 괴한에게 피습당하고... 지하철경찰대 입성 3시간 만에 쫓겨날 위기에 처하는데...! 한편, 지하철로 물건을 배달하던 할아버지가 폭행당하는 사건이 발생한다. 할아버지가 배달하려던 의문의 물건! 지석은 이것이 단순 폭행 사건이 아님을 알아채는데...

'라면 먹을래요?' 당직실에서 함께 라면을 먹게 된 지석과 유령! 유령은 황당하게도 라면 덕분에 터널 수색 기회를 획득하게 되는데..! 한편, 지하철이 삶의 터전인 평범한 가장, 최도철이 실종되는 사건이 발생한다!...

가출로 치부될 뻔한 최도철 사건의 끔찍한 내막이 밝혀지고... 사건 해결 과정에서 지석은 유령을 '또라이' 그 이상으로 보게 되는 기적의 순간을 맞이하게 된다! 한편, 스타 격투기 선수 김원태가 지하철경찰대 홍보대사로 위촉돼 지경대를 찾는데... 유령은 우연히 놈의 추악한 민낯을 목격하게 된다! 동시에, 메뚜기떼 검거에 필요한 결정적 단서를 발견하게 되는데...

지석은 제멋대로 수사를 진행하는 유령을 지경대에서 퇴출시키기로 결심하는데... 홀로 수사를 이어가던 유령이 괴한에게 폭행당하는 사건이 발생한다! 그런데 이 괴한... 몹시 수상하다! 한편, 풍성한 실적에 '지경대의 한가위'라 불리는 '클럽데이'를 맞아 변태 소탕을 위한 만반의 준비를 마친 왕수리 지경대! 그들 앞에 생각지 못한 불청객(?)이 나타나는데...

'클럽데이 다음 날 아침, 지하철 첫차를 타면 사라진다...?' 괴담의 진위를 몸소 밝혀보기 위해 첫차에 몸을 싣는 유령과 지석! 그곳에서 몹시 수상한 부축빼기와 마주하게 되고... 첫차 괴담의 끔찍한 실체가 드러난다! 한편, 유령은 지경대 입성 한 달 만에 드디어 지하철 유령과 마주하게 되는데!...

광수대와 지경대의 전례 없는 합동 수사! 지석과 마리가 한 팀, 유령과 우혁이 한 팀이 되고... 좌충우돌! 질투 폭발! 파트너 체인지 수사가 시작된다! 한편, 지석은 유령의 바람대로 유령을 지경대 1반에서 내보낸다. 유령의 빈자리로 성큼 들어오는 첫사랑 마리! 지석은 혼란스러운데…

유령-지석-마리의 우발적 삼자대면 현장! 승자는 누구일까...? 터널 수색에 박차를 가하는 유령, 터널 앞에서 자신을 기다리고 있는 누군가를 발견하게 된다! 한편, 왕수리 역 빵집에서 자폐아 박정훈이 납치되는 사건이 발생하고... 설상가상 메뚜기떼까지 출몰해 열차 한 칸을 싹쓸이하고 사라져 버리는데!...

납치된 정훈이를 구해야 한다! 납치범을 잡기 위해 함께 달리는 유령과 지석. 환상의 호흡 자랑하며, 납치범을 돕는 뜻밖의 조력자를 밝혀낸다! 한편, 지하철 유령은 다음 타겟을 노리고, 유령은 공간지각능력을 발휘해 놈을 추적하기 시작하는데!...

마침내 지하철 유령의 은신처가 밝혀지고, 은신처에서 나온 증거들을 통해, 지하철 유령의 정체가 서서히 드러나는데... 한편, 유령의 불법 터널 수색 사실이 드러나며, 지석은 경찰 인생 최대의 위기에 처한다!...

드디어 지하철 연쇄살인 사건의 용의자가 좁혀지고... 유령과 광역수사대는 본격적으로 지하철 유령을 추적한다! 지석의 수사 본능 또한 다시 꿈틀대기 시작하는데...

한태웅의 도주로 지하철 유령 수사는 답보 상태에 빠지고... 설상가상, 지석은 지경대를 떠날 위기에 처하게 되는데! 유령은 지석을 구하기 위해, 당찬 계획을 세운다...

지하철 유령이 검거됐다! 하지만 기쁨도 잠시, 놈은 누구도 예상치 못한 충격적인 이야기를 꺼내놓는데...! 지하철 연쇄 살인의 얽히고설킨 전말이 서서히 드러난다!...

정신병원 안에 지하철 유령이 있다. 그리고 놈은 또 한 번의 살인을 저지르려 한다! 놈을 잡기 위한 치열한 수색이 이어지고, 그 수색 끝에 유령은 충격적인 진실을 마주하게 되는데...

드디어 밝혀지는 지하철 유령의 신출귀몰한 수법! 그리고 유령에게 들려온 희망적인 소식... 유진이 살아있다!...

결국 마주 선 유령과 지하철 유령! 지하철 유령의 분노 앞에, 유령마저 죽음의 위기에 처하는데...! 누구도 예상 못 한 또 다른 비극적 사건이 터지고, 모두가 혼란에 휩싸인 그때... 유진이 나타난다!...