Setelah dirosak oleh Hentaman Kedua, Malaikat Keempat menyerang Tokyo III dan nasib manusia bergantung pada Agensi Kerajaan Khas NERV. Shinji Ikari diperintah memandu EVA-01 bersama juruterbang EVA-00, Rei Ayanami untuk melawan tapi Malaikat Keenam telah merosakkan EVA-01. Misato Katsuragi merancang untuk memfokuskan semua tenaga elektrik Jepun ke meriam positron EVA-01 untuk mengalahkan Malaikat.
