高中女生天手偶然地結識了從事走私生意的少女涅安，導致與非法回收商扯上關係。就在此時，軍警用薩克與侵犯領空的紅色鋼彈在殖民地內爆發了戰鬥。受到牽連的天手只好搭上GQuuuuuuX。

吉翁公國軍王牌駕駛員夏亞在SIDE 7繳獲了作為地球聯邦軍旗下《V作戰》關鍵的最新銳MS《鋼彈》。戰局就此有了大幅變動，一路引領吉翁在一年戰爭中獲勝。然而在戰爭結束前夕，鋼彈與夏亞則是……

天手認識了操縱紅色鋼彈的少年──修司。兩人一同徜徉在閃耀宇宙中的感覺令她無法忘懷，於是她提議兩人一起組隊參加戰團對決。而天手將參賽名稱取為《瑪秋》。

在一年戰爭中擊墜百架以上的機體，擁有「魔女」別稱的超級王牌駕駛員，為了與紅色鋼彈了結宿怨而報名了戰團對決。即便要捨棄丈夫與孩子也執著於MS戰鬥的魔女，讓瑪秋看到了人性的執念。

瑪秋計畫利用戰團對決賺來的獎金，與涅安和修司一同前往地球。然而在戰團對決當天，瑪秋被艾格沙貝發現而難以脫身，如果她無法出賽，前往地球旅行的夢想將無疾而終，此時涅安…

安琪找到了修司的藏身處，紅色鋼彈的情報價值遠比戰團對決的獎金更高昂。瑪秋得知安琪打算在戰團對決途中賣出這個情報。另一方面，掌握到基西莉亞絕密情報的地球聯邦軍情報部決定…

瑪秋得知安琪的打算之後，與涅安聯手想出了一個藉由戰團對決讓修司逃脫的計畫，然而，下一場戰團對決的對戰對手竟是駕駛著新型MA，企圖暗殺基西莉亞的恐怖分子。

在一年戰爭的尾聲，為了阻止地球聯邦軍的所羅門要塞墜落作戰，夏亞率領索頓艦隊出擊，保護月面都市格拉那達。而五年後在格拉那達，基西莉亞的身邊有涅安的身影。

瑪秋在神祕訊息的引導下逃出索頓，坐上GQuuuuuuX降落地球。在迫降時救下瑪秋的人，是一名被尊稱為“姐姐”的女性，而她被囚禁於卡巴斯大宅內。瑪秋將她帶出來，試圖搭乘核心戰機一起逃離。

為了阻止伊歐瑪格奴索造成破壞，瑪秋在夏利安布爾的請託下前去營救薔薇的少女。然而受命於基西莉亞的涅安先一步行動，駕駛著基弗列德正準備啟動傑庫諾瓦砲，目標則是全地球人類――

瑪秋試圖營救薔薇的少女，她駕駛的GQuuuuuuX與涅安的基弗列德展開交戰。最終在修司的引導下，瑪秋隻身前往伊歐瑪格奴索的深處。而夏亞與基西莉亞就在那裡。