괴기 대책 회의에서 시게모토가 제안한 '앨리스 시스템'은 실적 부족을 이유로 받아들여지지 않는다. 시게모토는 업계의 권력 구도와 이해관계가 얽힌 거대 신규 프로젝트를 직접 맡아 시스템의 성능을 증명하려 한다. 한편, 코시가야는 한 인물로부터 수상한 제안을 받고, 제안은 아버지의 입지마저 흔들 수 있는 중대한 문제로 이어지는데…

신종 괴기의 조사와 퇴치를 위해 카나와 코시가야는 마법 기술 연구소로 향한다. 부소장 아카사카의 안내로 격리 구역에 도착한 두 사람은 기존의 상식과 공격이 통하지 않는 기이한 괴이와 대치한다. 한편, 배후에서는 마력 규제를 둘러싼 사람들의 이해관계가 긴장감을 고조시키고, 괴기는 예상치 못한 변이를 일으킨다. 제한된 시간 안에서 마지루미에의 실력이 시험대에 오른다.

마지루미에와 아스트의 마법 소녀들이 폭주하는 신종 괴기를 앞에 두고 대치한다. 코시가야는 츠치바에게 화해의 손길을 내밀지만, 두 사람의 의견은 끝내 평행선을 달리며 두 회사의 갈등은 더욱 깊어진다. 한편, 정체불명의 괴기는 마력의 영향을 받아 급격한 변이를 거듭하며 더욱 위험한 존재로 진화한다. 결전을 앞둔 순간, 누군가 오퍼레이터로 개입하며 모두의 운명을 건 싸움을 이끈다.