Un ultimatum dell'agente della NSA Rebecca Stroud getta Araknet in una spirale paranoica, costringendo Wes a riconsiderare il finanziamento dell'azienda e Ronald a ripensare ai suoi legami con gli amici e al suo passato nella banda LH7. Nick, nel frattempo, si sente motivato a portare l'azienda a un livello più alto.

L'agente Stroud non si fa problemi a oltrepassare i già ampi poteri della NSA, minacciando di stravolgere le vite dei fondatori di Araknet. Ronald è dilaniato dal dubbio se sacrificare la LH7 per mettere al sicuro Araknet. Izzy si gode la sua nuova vita a Cuba, fino a quando un incontro fortuito non fa tornare a galla il passato.

Mentre Wes si dà da fare per nascondere il resto del denaro dalle grinfie di Stroud, Ronald e Nick non trovano un accordo su come continuare a ricoprire entrambi il ruolo di CEO. Nel frattempo Izzy è nuovamente attirata dal mondo sotterraneo della tecnologia e fa una scelta che la porterà inevitabilmente in rotta di collisione con il principale rivale di Araknet.

L'agente Stroud ottiene l'estradizione negli Stati Uniti per Izzy, in cambio della sua lealtà. Wes deve fare un viaggio a Barcellona per sistemare una faccenda con qualcuno che viene dal suo passato. Mentre Nick si danna per trovare una soluzione magica al gap di crescita di Araknet, Ronald fa di testa sua e cerca di risolvere alcuni problemi di natura etica che gli ribollono in testa.

Wes organizza una grande festa nella speranza di attrarre nuovi investitori. La strategia della LH7 si rivela un boomerang per la famiglia di Ronald. Nick parte per una missione segreta per salvare l'azienda. L'incontro di Mara con una persona che appartiene al suo passato scatena in lei una crisi emotiva. Stroud vuole convincere Izzy a infiltrarsi di nuovo in Araknet.

Quando gli affari migliorano per Araknet, Nick viene colto dalla paranoia di essere scoperto. Wes decide di entrare in affari con una persona che conosce da tempo, ma Mara non ci sta e fa una rivelazione incredibile. Il ritorno di Izzy in Araknet non può che riaprire le vecchie ferite. Ronald si prepara a una probabile guerra tra la LH7 e una banda rivale.

Le notizie per Araknet sono talmente brutte che si apre una discussione interna di tipo etico, cosicché Ronald è costretto a mettere in difficoltà Nick. Izzy vuole scoprire le vere motivazioni di Stroud, mentre lei stessa fatica a fare il doppio gioco. Wes spera di ricucire il suo rapporto con Mara, ma allo stesso tempo la incita a giocare sporco.

Il coinvolgimento di Ronald con la LH7 gli si ritorce contro, causando un deterioramento del suo rapporto con Nick. Quando il traguardo dei 100 milioni di utenti sta per avverarsi, Nick fa una scelta inquietante per difendere i suoi interessi. Izzy è tormentata dagli ultimi ordini che le ha dato Stroud. Mara mette in campo la sua nefasta strategia di PR.

Ronald è alle prese con la decisione più difficile della sua vita. Izzy è inorridita dalla scoperta che il virus da lei stessa costruito sta ora danneggiando Araknet. Quando Mara scopre quello che Nick ha fatto a Ronald, il loro rapporto entra in crisi. L'incriminazione di Wes spinge Nick in una spirale negativa che avrà pesanti ripercussioni.

Ronald teme che le ritorsioni della vendicativa LH7 siano imminenti. Il piano finale di Mara giunge a compimento, prendendo alla sprovvista Wes e Nick. Salta fuori di nuovo Stroud, che deve chiudere alcune questioni rimaste in sospeso, regalando alla stagione un finale esplosivo.